政府事故調（畑村洋太郎委員長）は昨年１２月に公表した中間報告書で、１号機の冷却装置「非常用冷却装置（ＩＣ）」について「認識不足や操作の習熟不足があり、全電源喪失直後に弁が閉じて機能していない状態に気付かなかった」と指摘。バッテリーで作動する３号機の冷却装置「高圧注水系（ＨＰＣＩ）」の操作についても「代替注水手段が確保されていないのにＨＰＣＩを手動停止したのは、バッテリーが枯渇するリスクを過小評価し、（高圧のため注水できずにいた原子炉の）減圧操作に失敗した」と批判した。

　これに対し、社内事故調の最終報告書案は、１号機のＩＣについて「勉強会や試験などを実施してきた。弁の動作も電源喪失のタイミングによって開閉いずれの可能性もある」「弁の状態を認識し、対応するのは現実的には困難だった」と弁明。３号機のＨＰＣＩの操作についても、「損傷する懸念があり早急に止める必要があった」「減圧操作のための弁はわずかな電力で開けることができ、操作可能と判断した」と主張した。