まだ見たことのないポケモンたち･･･。まだ行ったことのない町･･･。未知なるものに出会うため、新たな冒険の地、イッシュ地方に降り立ったサトシとピカチュウ！新天地での冒険に胸をふくらませていると、そこに現れたのは、この地方のポケモン研究の権威、アララギ博士！早速研究所に向かおうとしたのだが、その時、突然空に黒い雲が現れ、雷鳴が響き渡った！その中心には、黒い巨大なポケモンのような影が。そして次の瞬間！その影から放たれた一筋の稲妻が、サトシのピカチュウに直撃！ほおぶくろをスパークさせ苦しむピカチュウ。急いで博士の研究所へ向かい、詳しく検査をすることに。だが、検査の結果は思いもかけないものだった･･･。なんとピカチュウはでんきタイプのわざが使えなくなっていたのだ！波乱の幕明けとなった２人の旅、一体どうなってしまうのか！？