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西暦2347年。人々は、環境汚染が進み、もはや住める所ではなくなってしまった地球を捨て、新しい惑星“ニューアース”へ引っ越す事になりました。
旅立つのは人間だけではなく、地球上の全ての生き物でした。そんな中で世界中の犬を乗せた“ドッグスター号”が行方不明になってしまいました。
システムのエラーだったのか？パイロットの操縦ミスだったのか？
それは、誰にも分かりませんでした。

“ドッグスター号”には、愛らしいテリアから怖い猟犬、目立ちたがり屋の犬から忠犬まで、ありとあらゆる種類の犬達が・・・　そして、クラーク家の愛犬ホーバートも乗っていました。

ホーバートのいない生活に耐えられなくなったクラーク兄弟は、父親の宇宙船“スクラップ丸”を借りて“ドッグスター号”を探し出す決心をしました。子供達は、「絶対に諦めない」と言い残し、宇宙へと旅立ったのです。