ヒトゲノム解読をうけて生命を遺伝子、タンパク、細胞の統合ネットワークとしてとらえるシステム生物医学の創成を進めています。ゲノムサイエンスおよび井原研と協力し、DNAマイクロアレーを用いて世界最大級のヒト正常組織およびガンや血管疾患での遺伝子発現データベースを作成し、開示しています。この膨大なデータから疾患の診断・治療標的となる遺伝子を同定し、その1000種類のタンパク質にモノクローナル抗体を作成しています。
とくに、動脈硬化発症につながる血管の制御とその破綻にいたるメカニズムの解明を進めています。血管内皮細胞がコレステロール蓄積や、炎症、凝固、増殖で刺激をうけ活性化されると単球が内皮細胞に接着してもぐりこみアテローム性プラークを形成します。内皮細胞が活性化されると、NFkBやNFATcという活性を誘導する転写因子が活性化されますが、これらが活性化を抑制するIkBやDSCR1という自己終息シグナル遺伝子を活性化します。刺激が持続すると誘導因子と抑制因子が周期的に活性化し遺伝子発現が振動します。我々はtargeted proteomicsという手法を用いて、この振動の1回目と2回目さらに多数回目の転写因子複合体の違いを明らかにしようとしています。「繰り返しながら変わっていく」生命の制御の基本原理を解き明かそうとしています。