大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんなどこにでもある日常。見滝原中学校に通う、普通の中学二年生・鹿目まどかも、そんな日常の中で暮らす一人。ある日、彼女に不思議な出会いが訪れる。この出会いは偶然なのか、必然なのか、彼女はまだ知らない。それは、彼女の運命を変えてしまうような出会い-それは、新たなる魔法少女物語の始まり-

2010年11月22日（月）。日本各地に10発のミサイルが落ちた。ひとりの犠牲者も出さなかった奇妙なテロ事件を、人々は「迂闊な月曜日」と呼び、すぐに忘れてしまった。それから3ヶ月。卒業旅行でアメリカに出かけた森美 咲（もりみ・さき）は、ホワイトハウスの前でトラブルに巻き込まれ、ひとりの日本人に窮地を救われる。滝沢 朗（たきざわ・あきら）。彼は記憶を失っており、一糸まとわぬ全裸の姿で、拳銃と、82億円もの電子マネーがチャージされた携帯電話を握りしめていた・・・・・・。 滝沢 朗とは何者なのか？　謎の携帯電話の正体は？　失われた、滝沢の記憶とは何だったのか？

12歳のゴンは父と同じハンターになるため、育ての親であるミトさんとのある約束を果たし、ハンター試験の旅へと出た。試験会場へと向かう船で、ゴンは同じハンター志願者のレオリオとクラピカに出会う。彼らはお互いを良く思わず、いざこざが始まってしまい・・・。（第1話より）