とっくの昔に流行らなくなった探偵という稼業。その探偵をいまどき名乗る青年が、結城新十郎。
新十郎は卓越した推理力で様々な難事件を解決していく。その新十郎のバディを務めるのが美少年の因果。可愛いルックスとは裏腹に、その本性は利発で上から目線の小悪魔系。
因果は、ある理由から新十郎といつも行動をともにしている。舞台となるのは"終戦"を迎え、戦争の傷跡もまだ残る未来の東京。そこに君臨するのは、政財界に通じ、通信インフラを牛耳るメディア王、海勝麟六。海勝はその膨大な情報量と明晰な頭脳で、数々の事件を解決に導いてきた。だが海勝の名推理には裏がある。その裏にある"本当の真実"を見事にあぶり出すのが、「最後の名探偵」結城新十郎だ。しかし、それを知らない世間は、新十郎を「敗戦探偵」と呼ぶ――。
それでも新十郎は因果とともに本当の真実を求めずにはいられない。