登録作品に対して、第三者から権利侵害の申し立てがあり、申し立てが真実である可能性が高いとニコニ・コモンズ事務局が判断した場合には、登録作品を一旦非公開の状態にしたうえで、作品登録者にその旨を通知します。通知を受けた登録者は、申し立ての内容を確認し、通知から1週間以内に以下のいずれかの対応を行ってください。期限までに対応が行われなかった場合は、ニコニ・コモンズ事務局は申し立てが正当なものであったと判断し、登録作品の削除を行います。
・申し立てが正当である場合は、登録作品の削除手続を行ってください。
・申し立てが正当でない場合は、その証拠と申し立て者に掲示するための連絡先メールアドレスを示して、異議を申し立ててください。ニコニ・コモンズ事務局は、その内容を削除申し立て者に通知します。