ゼーレが推し進めていた人類補完計画は失敗に終わった。しかし、ゼーレやネルフが人類補完計画を実行しようとしていた事には目的があったのだ。それは人類絶望化計画に対抗するためだった。人類絶望化計画が実施されれば人類は絶望に覆われてしまう。そこで、ゲンドウは最後の手段としてシンジとアスカを『希望ヶ峰学園』へと送り込んだ！　シンジとアスカは希望の中に紛れ込んだ絶望を見つけ出し、絶望化計画を阻止できるのか、モノクマによる悪魔のゲームが始まった！　※本作品はダンガンロンパと新世紀エヴァンゲリオンのクロスオーバー作品です。ダンガンロンパの核心に迫るネタバレを含みます、未クリアの方は注意して下さい。