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『新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画』（しんせいきエヴァンゲリオン いかりシンジいくせいけいかく）とは、同名ゲームを原作にしたコミック。角川書店刊月刊少年エース2005年6月号より連載が始まった。漫画作画担当は高橋脩。単行本既刊3巻。

導入は林ふみのの『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd (漫画)』と同じく、碇ユイが存命で碇ゲンドウ、碇シンジともどもコンフォート17で暮らしていて、惣流・アスカ・ラングレーがシンジの幼馴染という、いわゆる「学園エヴァ」である。ただし、綾波レイはいわゆる「リナレイ」ではない。本編のレイのように無表情でもなく、どちらかというとお淑やかなお嬢様タイプとして描かれている。なおゲンドウはユイの尻にしかれているようであるし、さらに親バカっぽく描写されている。

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• 第2新東京市は、『新世紀エヴァンゲリオン』に登場する日本の架空の都市である。 セカンドインパクト後の混乱の中、2000年9月20日、東京に新型爆弾……
• 人工進化研究所とは、エヴァ作中に登場する架空の機関。特務機関ネルフの前身である国連直属の研究機関である。2003年から2010年にかけて……
• ファンフィクションとは、既存の著作物（原作）を下地にファンが変形・脚色・翻案等を行った創作物のこと。特に小説の形態をとる物を指す。略称FF。 ……