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ストーリーの進めかたを書いていきます。ステージ攻略も参考にしてください。
ゲーム進行順
| 順番 | ミッション名 | 区分 | 出現条件 | クリア後 | ステージ番号 | ステージ名 |
| 0 | 1 | オベリク | ||||
| 1 | かみポンの帰還 | オープニング | 最初のステージ | 消滅 | 2 | トッチラ海岸 |
| 2 | トッチラ海岸で狩りをしよう | 狩り | 初期出現 | 狩りステージとして残る | ||
| 3 | じゃじゃジャングルを探索せよ | カーメン戦 | 前ステージをクリア | トレーニング：障害物を壊しゴールを目指せに変化 | 3 | じゃじゃジャングル |
| 3.1 | トレーニング：障害物を壊しゴールを目指せ | トレーニング用ステージ | じゃじゃジャングルを探索せよをクリア | 変化なし | ||
| 4 | 運命ナンジャロ丘の出会い | イベント | 前ステージをクリア | トレーニング：攻撃と防御の錬習に変化 | 4 | ナンジャロ丘 |
| 4.1 | トレーニング：攻撃と防御の錬習 | トレーニング用ステージ | 運命ナンジャロ丘の出会いをクリア | 変化なし | ||
| 5 | マテールの芽を守るもの | ボス戦(ドドンガ) | 前ステージをクリア | ドンガラ遺跡の巨竜ドドンガに変化(天候が下記↓以外の日) | 5 | ドンガラ遺跡 |
| 5.1 | 濃霧発生!!不屈の巨竜現る | ボス戦(マジドンガ) | 天候が霧の日 | 不屈の巨竜マジドンガに変化(天候が霧の日のみ) | ||
| 5.2 | 究極の巨竜 あらわるッ!! | ボス戦(カッチンドンガ) | 天候が雪の日 | 凍てつく吐息カッチンドンガに変化(天候が雪の日のみ) | ||
| 6 | ウッソー森のカーメン砦攻略戦 | カーメン戦 | マテールの芽を守るものをクリア | 数ステージクリア後(日数経過後？)ウッソー森のカーメン砦に変化 | 6 | ウッソー森 |
| 7 | その漢 二度死す | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 狩りステージキノコにょきにょきニョキリ沼に変化 | 7 | ニョキリ沼 |
| 8 | モッチチの逆襲 | ボス戦(モーチッチチ) | 前ステージをクリア | 怒れる巨烏モーチッチチに変化 | 8 | スッテンへいげん |
| 9 | ゴーンの試練 | ミラクル説明 | 前ステージをクリア | 消滅 | 9 | ガンゴロ荒野 |
| 10 | よこしまな見えざる手 | ボス戦(センチュラ) | 前ステージをクリア | 霧に身を隠す怪物センチュラに変化 | 11 | ボヤヤン盆地 |
| 11 | 決戦!ゴンロック山 | カーメン戦 | 前ステージをクリア |
※１度でクリアしないよう注意。
狩りステージ岩山を覆う魔性の霧に変化 |
12 | ゴンロック山 |
| 11.1 | 原野の秘境ダチュラ遺跡の守護者 | ボス戦(ダラチュラ) | 岩山を覆う魔性の霧でドバットから「泥まみれの地図」を入手 | 恐怖の串刺し怪獣ダラチュラに変化 | 10 | ダチュラ遺跡 |
| 12 | 剣が峰エッジッジ断崖の要塞 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 数ステージクリア後(日数経過後？)復活 | 13 | 剣が峰エッジッジ断崖 |
| 13 | 雲魔人フアラマタラの護る空 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 消滅 | 15 | モモックン雲海 |
| 14 | 神の住まう空の城 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 消滅 | 16 | 天空城アマッテラ |
| 15 | 監視塔とふたりのカーメン | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 狩りステージブリュン雪原に泣く子羊と母の怒りに変化 | 17 | ブリュン雪原 |
| 15.1 | ネオガイン遺跡の覚醒 | ボス戦(ドガイン) | ブリュン雪原に泣く子羊と母の怒りでペッコラコから「あかない箱」を入手 |
※今後のために必ずやっておくこと！
自然力の巨神ドガインに変化 |
14 | ネオガイン遺跡 |
| 16 | 大氷壁の突貫大作戦 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 数ステージクリア後(日数経過後？)復活 | 18 | 氷の森シャララ |
| 17 | 凍りついた古代生物マンボスを倒せ | ボス戦(マンボス) | 前ステージをクリア | コチカチ湖の巨象マンボスに変化 | 19 | コチカチ湖 |
| 18 | キラリ星と黒い星 | イベント | 前ステージをクリア | 消滅 | 21 | ティンクー渓谷 |
| 18.1 | マンボー遺跡に尖る原始の牙 | マンボロス戦(マンボロス) | キラリ星と黒い星で「くろい星」を入手 | 現存する最古の守護者マンボロスに変化 | 20 | マンボー遺跡 |
| 19 | 冥界の門がひらく記憶 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 数ステージクリア後(日数経過後？)魔宮門バババーンの死闘に変化 | 22 | 魔宮門バババーン |
| 20 | 始まりの爆心地 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 消滅 | 23 | ばらばらんクレータ |
| 21 | セカイのヘソに立つ邪心 | ボス戦(ガルル) | 前ステージをクリア | 冥界の従者ガルルに変化 | 24 | セカイのヘソ |
| 22 | 火吹き山メララの不死鳥 | ボス戦(フェニッチ) | 前ステージをクリア | 火の鳥フェニッチに変化 | 25 | 火吹き山メララ |
| 23 | コラアカン熱砂を越えて | カーメン戦 | 前ステージをクリア | コラアカン熱砂の巨大生物をクリアすると、狩りステージ砂漠をけむらす嵐のナゾはに変化 | 26 | コアラカン熱砂 |
| 24 | コラアカン熱砂の巨大生物 | ボス戦(ザックネル) | 前ステージをクリア | 砂漠の王ザックネルに変化 | 27 | |
| 25 | えっこらオアシス大争奪戦 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 数ステージクリア後(日数経過後？)復活 | 28 | えっこらオアシス |
| 26 | 仮面の国と三神将 | カーメン戦＆オーメンカーメン(＆三神将) | 前ステージをクリア | 消滅 | 30 | めんかめジャングル |
| 27 | めっちゃくジャングルの守護者 | ボス戦(シュクル) | 前ステージをクリア | パタポン食い植物シュクルに変化 | 32 | めっちゃくジャングル |
| 28 | 超絶望 | イベント | 前ステージをクリア | ※絶対にクリアしないように！ | 33 | カーメン城門ソックシ |
| 28.1 | 超絶望への挑戦 | イベント | 超絶望で敗北 | |||
| 29 | ジゴトン投石機を奪還せよ! | 投石機奪還 | 消滅。クリア後は剣が峰エッジッジ断崖の要塞に戻る | 13 | 剣が峰エッジッジ断崖 | |
| 30 | 盾の神将ノーメン | 投石機護衛 | 前ステージをクリア | 消滅。クリア後は大氷壁の突貫大作戦に戻る | 18 | 氷の森シャララ |
| 31 | 槍の神将キーメン | 投石機護衛 | 前ステージをクリア | 消滅。クリア後は砂漠をけむらす嵐のナゾはに戻る | 26 | コアラカン熱砂 |
| 32 | 杖の神将フックメン | 投石機護衛 | 前ステージをクリア | 消滅 | 30 | めんかめジャングル |
| 32.1 | クネクネールを守る者 | ボス戦(ドカクネル) | 杖の神将フックメンにて「しかくい車輪」を入手 | 大いなるドクカネルに変化 | 29 | クネクネール遣跡 |
| 33 | 超希望への放物線 | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 真・超希望への放物線に変化 | 33 | カーメン城門ソックシ |
| 33.1 | ググチョッパ遺跡の怒れる爪 | ボス戦(チョッキング) | 超希望への放物線にて「ほどけない巻物」を入手。 | 灼熱の爪チョッキングに変化 | 31 | ググチョッパ遺跡 |
| 34 | お約束か!?メデン誘拐!! | メデン救出 | 前ステージをクリア | 消滅。クリア後は砂漠をけむらす嵐のナゾはに戻る | 26 | コアラカン熱砂 |
| 35 | 冥界の新兵器ここに現る | ボス戦(キャノギアス) | 前ステージをクリア | 冥界の機械巨兵キャノギアスに変化 | 34 | カーメン城 |
| 36 | ブラックほしポンよ永遠に | カーメン戦 | 前ステージをクリア | 数ステージクリア後(日数経過後？)冥界戦車ズガガング改に変化 | 36 | パタポーラ王国 |
| 36.1 | 真・超兵器生ける要塞との戦い | ボス戦(ギャノディアス) | 冥界戦車ズガガング改Lv3から「やわらかい石版」を入手 | 生ける機動要塞ギャノディアスに変化 | 35 | ドガシャン遺跡 |
| 37 | Once UPON a Time in PATA-Pole | 対オーメンカーメン戦 | 前ステージをクリア | 消滅 | 37 | パタポーラ宮殿 |
| 38 | パタポンを滅亡させた大悪魔 | ボス戦(デッタンカーメン) | 前ステージをクリア | クリアすると
エンディング
へ。 その後呪いの仮面の大悪魔デッタンカーメンに変化 |
||
| エンディング | ゲ－ムクリア！おめでとう！ | ?? | せかいの果て | |||
| 39 | 灰色の虹と裏の顔 | ボス戦(ズッタンカーメン) | 呪いの仮面の大悪魔デッタンカーメンLv3から「灰色の虹」を入手 | 裏仮面の大悪魔ズッタンカーメンに変化 | 23 | ばらばらんクレータ |