私のパソコンを Diskeeper で見ると、「予約済みシステム領域」という領域が大きくのさばっています。
デフラグの邪魔になると思ったので、この領域を削除できないかなと思ったのですが・・・

いろいろ調べてみると、この領域は 「MFT researved area」というもので、
http://club.cdfreaks.com/f7/why-my-mft-his-big-how-reduce-size-189536/
を見ると、
「Don't look at the zone as space being wasted, Window OS applications can still write and store in the zone. Look at the zone as being a safety net.」
と書いてあります。
つまり、無駄な領域というわけではないんですね。うーん。