第１１代皇帝光緒帝（徳宗王）は、変法自彊策をとりあげ改革の勅令を次から次に発布したが、明治３１年（１８９８）８月１６日　守旧派の西太后は突如クーデターを起こし、帝病む、と称して徳宗王を監禁、摂政の座に復権し、改革令をすべて取り消し、康有為一派を追放した。この「戊戌の政変」のため新政は覆され、保守、反動、排外攘夷の前近代化政策がとられるようになり、清国民衆の排外気風も高まっていった。

明治３３年（１９００）４月５日　在北京公使館付海軍武官・森義太郎中佐は、軍令部総長伊藤祐亨大将宛に、「義和団党天津北京ニ侵入セリ」と打電した。これが北清事変の第一報と言われており、既に各国共同の動きを知らせるものでもあった。
当時の日本には西洋の中国進出に対し、同じ東洋文化の源であり隣人でもある清国への同情と、これを他山の石とし西洋列強に学んで富国強兵を達成しようという考えが混在していた。特命全権大使（公使）・西徳次郎は、義和団の乱は西欧＝キリスト教に対する排外運動であって、日本としてはこれに深入りしないほうが良い、という認識だったのに対し、青木周蔵外相は、列国共同の動きにならって機会を捕らえて積極的に参加するという姿勢を示していた。５月中旬になり、北京・保定間の高樓村で義和団がキリスト教会を襲い、信者６０人を殺害するという事件が発生した。このころ西太后一派は義和団を支援しており、義和団も援助を得て列国使節を攻撃するまでになっていた。

６月６日　孤立状態となりつつあった北京において第６回公使会議が開かれ、清帝と西太后に対し、清国政府が義和団を鎮圧できなければ列国は自ら武力をもってあたる旨、奏聞することを提議した。この提議は清国政府にとって衝撃的なことで、実行に移されると清国と列国との関係は決定的に悪化する恐れがあった。
６月８日　北京在住の西公使は青木外相に対し、陸戦隊と巡洋艦の派遣を要請、これに対し青木外相は、英国公使の措置に合同せよ、と訓令、日本政府は正式に列国と共同して軍事的に対応することを決意した。清国政府は６月９日になっても鎮圧の約束を履行せず、さらに６月１１日には日本公使館書記生杉山彬、６月２０日にはドイツ公使ケットレルが殺害され、事態はいよいよ悪化し、もはや軍事行動にによって解決を見るほかに策はなかった。

６月１７日　タークー砲台の大小１７７門が一斉に砲門を開き、列国軍艦を砲撃した。列国軍艦はこれに応戦すること約４時間ついにタークー砲台を沈黙させた。同じ頃、英、独、露、日の連合陸戦隊８５０は砲台占領に向かって進撃し、国名のＡＢＣ順に右から展開し攻撃態勢に入った。日本海軍陸戦隊３２８名（長　服部雄吉中佐）は白石葭江大尉の指揮のもとに一気に西北砲台を占領して列国軍を驚かした。その後他の３砲台も占領、交戦５時間でタークー砲台を完全に占領した。これをもって清国政府は列国の宣戦と解し、清国と列国との間は事実上戦争状態となった。同日午後　天津にあった団匪３万、清国兵１８６００が各国居留地に向かって砲撃を開始した。このとき天津の連合軍はわずか３０００名に過ぎず、状況は極めて憂慮すべき状況であった。

日本政府は清国を刺激しないよう海軍力だけの対応を考えていた。しかし情勢悪化に伴い海軍だけの事態収拾は困難と判断し、６月１５日の閣議において第１次臨時派遣隊として参謀本部第２部長　福島安正少将を指揮官とする１２８８名の陸兵派遣を決めた。派遣目的を明確に平時における自衛作戦に限定した軍事行動であった。

攻撃は列国軍／特にロシア軍の足並みが揃わずしばしば延期された。福島少将は第二次派遣隊を加え日本独力で天津城攻略は可能と判断、日英仏米の４軍で総攻撃を実施、１４日払暁には天津城を占領した。
そのころ英国からの出兵要請もあって第５師団（山口素臣中将）が出動しており、師団主力は７月下旬にかけて陥落間もない天津に続々到着していた。７月３１日にはロシア軍リネウィッチ中将を総指揮官とする北京進攻のための軍議が開かれた。この会議でもロシア側の要求で行動開始が延期された。これは満州占領を睨んだロシアの画策であったが、救出は一刻を争い、１９０００名の連合軍は８月４日進撃を開始、１２日の作戦会議で北京城総攻撃は１４日と決定した。ところがまたしてもロシア軍によって１３日夜の攻撃開始となってしまい、抜け駆けによってロシア軍は参謀長が戦死するなど甚大な被害を蒙ったが、明治３３年（１９００）８月１４日　１５００　英軍が公使館区域に到達、公使ら一行は、６月２０日以来５５日ぶりに無事救出され、北京城は連合軍によって占領された。

この間北京の１１ヶ国公使ら外交官・家族一行及び各国護衛兵８カ国３９４名（４４２名？）は、まったくの孤立無援、弾薬食糧は尽きていた。その各国大使館区域を守り抜いた実質的な主将は、大使館付陸軍武官・柴五郎中佐である。柴中佐は参謀本部の命により北京城とその周辺の兵要地誌を調べ上げており、陸軍屈指の支那通の将校であった。清国についての広範な知識を持ち、多くの清国人諜者を使っての情報収集など柴中佐なしには篭城作戦は不可能であった。この活躍は世界各国から賞賛され、事変後は各国政府から勲章を授与された。コロネル・シバの名は世界的に知られることになり、映画「北京の５５日」でもその活躍は窺い知ることができる。

なおこの事変中、混乱に乗じた略奪や暴行は目に余るものがあり、紫禁城を略奪から防ぐため日本軍は東華門、神武門、西華門を米軍は南門の守備にあたり、規律厳正な日本軍管轄区域には、保護を求めて各地から大勢の支那人が集まった。

清国政府も和を請うことに決し、１０月１５日から正式に講和交渉に入った。多数国による共同和議のため、一国の利己的要求が他国の干渉を受けやすく相互に抑制される傾向を生じ、要求内容は緩和されたものとなった反面、各国の調整に長時間要した。辛丑条約として講和の成立を見たのは明治３４年（１９０１）９月７日であり、実に事変勃発から１年３ヶ月後であった。作戦行動に比して事変処理はあまりに長い月日を要したのである。同床異夢の武力集団による連合作戦の弱点の一端を現したものといえるが、東洋の小国日本は、勇敢で軍紀厳正なことを世界に示し、列強諸国と肩を並べて国際的地位向上の大きな契機となった。

義和団の乱の第一報が届いた時、ロシア陸相クロパトキンは笑みを浮かべて「満州を占領する口実ができた。満州を第二のブハラ（１８６８年に征服した中央アジア）にするつもりだ」とウィッテ蔵相に豪語し、さらに皇帝ニコライ二世は、満州を占領後は更に朝鮮も占領することを欲しており、ロシアの侵略的野心は止むことはなかった。かくして北清事変後に乗じてロシアは虎視眈々としていた満州を軍事占領、その矛先は朝鮮に及び、極東の緊張は一層たかまっていったのである。