明治４年１１月　琉球の民６９名が台湾南端地方に漂着し、そのうち５４名が生蕃（土民）のため虐殺され、３名は溺死、１２名のみが辛うじて逃れ去った。また明治６年３月には備中・岡山の民４名が台湾東南岸に漂着して略奪される事件が起こった。これを受けて政府は、外務卿副島種臣を清国に派遣し談判させたところ清国は、台湾は清国の領域ではなく、化外の民であり関知するところではない、として我が抗議には応じなかった。そのため明治７年４月４日　政府は陸軍中将西郷従道を台湾蕃地事務都督に任じ、陸軍少将谷干城、海軍少将赤松則良以下３６５８名を以って出征の軍を台湾に送った。酷熱と病魔と戦いつつ生蕃の本拠を衝き、相次いで敵を降しついに台湾全島を平定した。清国は日本の出兵を非難し両国の間は険悪となったが、英仏の調停によって清国は日本の出兵を義挙と認めた。我が国は台湾領有は意図せず、全軍を撤収後１２月下旬に帝都に凱旋した。本戦役の日本軍の損害は、戦死１２、戦傷１７、戦病死５３１であった。

この台湾征討（征蕃の役）は拡大することもなく小戦争で終わったが、日清の衝突は既に明治初頭に遡って現れたのである。

明治８年５月２０日　軍艦「雲揚」（艦長井上良馨少佐）が朝鮮近海の水路を測量中、江華島砲台の朝鮮兵から砲撃を受けた。「雲揚」は断固応戦して砲台を占領、永宗城を焼き朝鮮兵３０余名を倒し、火砲３８門その他を奪って帰投した。この戦闘で損害は水兵１名戦死、２名が負傷した。明治９年１月　参議陸軍中将黒田清隆を特命全権として朝鮮に派遣、朝鮮と交渉を続けた。交渉は難航したが２月２７日　朝鮮政府は罪を謝し、日本の要求を容れて江華島条約１２条を結び、ともかく修好は復活した。日鮮が修好を絶った文化８年（１８１１）から６５年目のことであった。
この条約の骨子は、朝鮮が独立自主の国家であることを確認し、日鮮両国和親の実を表することを約したことである。しかるに清国は朝鮮は属国であると主張し、日本・朝鮮両国間の条約を破棄するように要求してきた。日本はこれを拒否したが、何らの解決を見ないで時間が経過していった。

別枝隊が優遇される代わりに旧式軍隊が冷遇されるのは致し方がなかった。これに伴う彼らの不満の増長に加え、給与の不払い、糧食の不正事件が重なって、明治１５年（１８８２）７月２０日壬午の変（京城の変）が勃発した。２００余名の朝鮮兵によるクーデターは暴民が加わり２０００人以上の勢力となり王宮に乱入、王と王子を生け捕りにし、閔氏一族を虐殺した。大院君はこの機を逃さず日本人の追放を図り、派遣教官・堀本礼造工兵中尉をはじめ６人の日本人が殺害された。日本公使館も焼かれ、花房義質公使らは重囲を突破して仁川に逃れ、英国軍艦に収容されて辛うじて帰国することができた。

花房公使からの報告を受けた日本政府は、黒田清隆の強硬論と山縣有朋の慎重論がぶつかり、結局外交交渉を援護するため少数の兵力のみ派遣する慎重論を採った。８月２０日京城に戻った花房公使は、公式謝罪、損害賠償、犯人関係者の処罰など６か条を要求した。再び実権を握った大院君は援兵を清国に求めており、回答は遅れた。また山中に逃れていた閔妃は、山中から密使を送りすみやかに清国に救済保護を請うように勧めた。閔氏一族は、大院君と対立したからこそ日本を背景とする開化党と提携したが、その勢力維持のためには日本よりも強大な清国の力に依存しようとした。言い換えれば、清国は大院君と閔氏一族を巧みにあやつり、実質上の属国としていたのである。

その清国は、朝鮮からの要請を受けて陸兵と軍艦６隻を派遣し、緊張が高まったが、８月３０日　「済物捕（さいもつほ）条約」が調印され、日本は朝鮮から謝罪賠償の他に公使館護衛のための駐兵権を得た。交渉にあたり清国は、依然韓国は属国であると主張し兵を朝鮮に駐屯、大院君を抑留・引退させ、大いに朝鮮の内政に干渉した。この事件により、我が政府特に軍当局者は対外交渉の容易でないことを強く認識させられた。

閔氏一族を中心とする事大党は朝鮮内部で勢力を拡大してはいたが、悪政ぶりがひどく人心は閔氏一族から離反しつつあった。朝鮮国王の心境にも変化が見られたが、国政を一新するだけの決意はなく、優柔不断な態度に終始していた。こうした国王の態度に、独立党は一挙に国政改革を断行することに決し、明治１７年（１８８４）１２月４日　京城郵便局開設の祝宴に各国公使と政府高官が一堂に会した夜、独立党の洪英植、朴泳孝、徐広範、金玉均らによって事大党の高官閔泳翊を傷つけ王宮に迫った。翌１２月５日　国王を擁した独立党は大政一新を布告、王宮守備のため日本公使・竹添新一郎に援軍を要請した。竹添公使は１００名余の兵によって王宮を護衛、政権は独立党に帰し、クーデターは一応成功した。

ところがこの甲申の変（漢城の変）が起こると閔氏一族は直ちに清国兵に救援を求め、袁世凱は清国兵２０００をもって軍事介入し王宮に迫り、王宮内の朝鮮兵と救援の日本兵に向かって攻撃を開始した。国内二派の政争が一転して日清両国兵の戦闘になったのである。日本軍は数が少なく非常な苦戦に陥った。しかも国王は劣勢の日本軍を見限り、密かに王宮を逃れて清国軍に身を投じてしまった。こうして成功したかにみえた独立党政権は一夜の天下で潰え、日本軍は護るべき王を失ったうえに在留邦人を含む４０名を越す死者を出し 京城を撤収、仁川に逃れた。邦人犠牲者の中には暴虐なる清国兵によって犠牲となった婦女子もあった。

日本政府は、朝鮮に対しては謝罪賠償を、清国に対しては国王を護衛していた我が兵を攻撃した罪を糾し、再び問罪使を送った。明治１８年１月９日　日鮮間に「京城条約」が調印された。また伊藤博文らを天津におくって清国と談判し、４月１８日に至り、日清ともに朝鮮から撤兵すること、将来朝鮮に異変が起こり両国または一国が派兵を要するときは、相互事前通知の必要を決めた「天津条約」を締結した。

この政府当局の平和主義的協調方針に対して、主戦論を展開したのは軍部であった。陸軍は諸般の形勢から日清は早晩戦わねばならぬものと判断し、一意対清戦争の決意を固めていた。だが海軍は主動的な立場から開戦を論じたものはなく陸軍の意見に追従するという形であった。これには海軍軍備が遅れて対清海戦に自信がなかったことも一因であるとされている。このように国論は二分し、対清政策は容易に一致しえない状況にあった。

明治２７年（１８９４）４月　全羅北道の一隅に起こった東学党の乱はたちまち朝鮮全土に波及、６月には全洲以南がすべて反乱勢力の手中に陥り、さながら革命前夜の状態となった。朝鮮政府は自力解決は困難と判断、６月３日に清国に救援を求めた。清国は直ちにこれに応じ、６月７日には清国軍第１陣約１０００名の牙山上陸を開始した。日本に送った通知には「属邦保護のための出兵」とあり、明らかに天津条約違反であった。清国からの通知を受けた日本政府は、「朝鮮を貴国の属邦と認めることはできない」旨を回答し、「居留民保護のため朝鮮に派兵する」と通知、６月９日には第５師団の一部を宇品から出港させた。

日本は清国に対し、協同して朝鮮の内乱を鎮圧し内政改革をすすめようと申し込んだが清国はこれを拒絶した。宗属関係の強化を目指すことが清国の基本方針であったためである。甲申の変後朝鮮の改革派が壊滅状態になっていたため朝鮮側からの改革は事実上不可能であった。そうなると日本軍が朝鮮王宮、政府を抑えたのちに上から改革を指導する他なく、そのためには清国の宋主権の排除が避けられなくなった。英米ロ三国は、それぞれの立場から調停を斡旋しようとしたが清国は、日本の撤兵後でなければ何事の協議にも応じないという態度を固持したためいずれも失敗し、各国ともに傍観の立場をとるに至った。

７月１２日　日本政府は第二次絶交書といわれる宣言を発し、戦争も辞さない決意を示した。７月１９日には大島公使が朝鮮政府に清国軍の撤去要求を求める「最後通牒」を手交した。６月中旬以来武力をもって京城を抑えていた日本は、閔氏一族に代わるものとして隠棲中の大院君に出馬を促し改革に着手した。７月２３日　大院君は日本兵に護られて王宮に入り閔氏一族を一掃して政権を握り、対日協力の態度を明らかにした。ここにおいて朝鮮における日本の立場は一挙に好転するとともに、清国との戦争はいよいよ避けがたいものとなったのである。

当の李氏朝鮮側からすれば、どちらか一方につけば必ず他方の反発を招き、大国清国と新興国日本の間で後進国として混迷を続けていた。日本は朝鮮に対し自由な独立国となることを期待したが、自力救済能力がなく他国に依存を続ける他力本願的政策をとる国は往々にして失敗し、国家を危険な立場に立たせることは史上に例が少なくない。この場合の朝鮮はまさにこれであった。
このように旧体制国家の干渉を排除し、欧米の侵出から我が国ひいては東洋全体の平和を確保しうる近代国家の建設を目指していたのが日本である。新旧の異なる世界観と秩序をめぐって推進された日清両国の軍備強化は、その考えを変更しない限り衝突は不可避であった。