まず徴兵令に反対して起こった騒動はほとんど無数といってもよい。徴兵制は一面からみれば武士階級の否定であって、兵役を忌避する農民の心情に彼らの扇動が働いて血税騒動となり、徴兵令自体への反対に加えて反政府的意味を持つものも少なくなかった。多くの場合、発足したばかりの鎮台兵の出動を待たずに鎮圧された。
廃藩置県に伴う政治体系の変革、身分制度の変革に反対といった封建制度への回帰を望む者、薩長中心の政府に反抗する反薩長騒動など、内容に多少の差はあるが時代の進展に逆行する反政府的騒動も発生した。明治４年９月高松県（香川県）の暴動、１０月岡山県下の農民蜂起、飾磨県（兵庫県）の騒乱などはこの大規模なものである。さらに同年１２月には度会県（三重県）県民や、高知県郡部の農民なども暴動を起こし、いずれも藩兵に鎮圧された。なおも明治６年には大分県、北条県（岡山県）で其々住民２万余が蜂起、同年６月には旧制に復し士族の禄を復することを口実に福岡県で起こった暴動はその数６万４千に及び、大規模の暴動鎮圧には鎮台兵の力では足りず、旧藩兵の助力を必要とした。

＜佐賀の乱＞
明治７年２月１日に前参議江藤新平を首領とする旧佐賀藩士２５００名が叛旗を翻した。この中には征韓論を主張する征韓党と、封建制度復活を主張する憂国党とがあり、江藤と秋田県令・島義勇が帰国したことをきっかけに反政府の点で一致して乱を起こした。反乱軍は勢力を拡大し１６日には佐賀県庁を焼き払うまでになったが各鎮台の部隊によって制圧され、幹部はすべて極刑に処せられた。

＜神風連の乱＞
明治９年１０月２４日夜半　熊本の旧藩士で結成された敬神党２００名が尊皇攘夷を主張して決起した。鎮台と文武の高官邸を襲ってこれを殺傷、夜半のことで兵営は混乱したが夜明けとともに児玉源太郎少佐らの指揮によって掃討された。

＜秋月の乱＞
神風連の乱に呼応して、１０月２７日の夜、秋月藩（福岡県）の旧藩士約５００名が決起、熊本鎮台兵や乃木希助少佐の指揮によって鎮圧させられた。

＜萩の乱＞
同じく神風連の乱に呼応して、秋月の乱の翌日、前兵部大輔前原一誠を首領とする旧萩藩藩士２００余名が決起、県庁襲撃を企図したが果たせず鎮台兵と軍艦の応援によって壊滅、前原は斬殺された。

これらは、維新の大業に中心的役割を果たした下級武士層が、新時代の建設において不遇をかこい現状に対する強い憤りが鬱積して騒擾に発展した点が共通していた。そして最大級のものが西南戦争であった。

一旦決定しかけた征韓の議は、岩倉具視、大久保利通、木戸孝允らが欧米視察から帰国すると廟議変更を強要、明治４年１０月２３日には御前会議において非征韓を上奏し御裁可を得た。近代国家完成のためには内治を治め、不平等条約の改正こそ最優先で、征韓などは問題に非ず、というものであった。
ここに国策は決定、非征韓論者が政府の実権を握ると征韓論者は一斉に職を辞して野に下った。西郷は１０月末に郷里鹿児島へ帰国の途につき、後を追った薩摩出身者は、陸軍少将・桐野利秋、篠原国幹ら約３００を数えた。

熊本城は加藤清正が築いた天下の名城である。政府軍（官軍）はこれを配するに名将・谷干城をもってこれにあたった。谷のとった決心は約４０００の兵力をもって守城するにあった。前年熊本に起こった神風連は、創設間もない新国軍に大きな打撃を与え、その傷跡を回復するのに多大な努力を傾注しつつあった。その状況において、天下の強兵薩摩隼人とこれに呼応する不平士族の多数を考慮すると、城外に出でて決戦を挑むことなど夢にも考えられなかった。加えて兵員の大部分は徴兵によるもので、兵の資質は薩軍と比するまでもなく、専守防御に徹する他はなかった。また西郷に対し親愛の情を持つ谷としては、自ら進んで西郷を討ちたくない、とする心理もあったとされる。

２月２１日から４日間にわたり４倍の兵力をもってした熊本城の攻撃はことごとく失敗していた。士族精鋭の薩軍にとって徴兵による官軍などは「土百姓の人形兵」であり、「只一蹴して過ぎるのみで方策を要せず」として、精強を過信するあまりひたすら力攻で臨んだ。しかし、にわかにこれを陥れることはできず、長期戦と化した。篭城は５０日を数え、小倉からの援軍・第１４聯隊の聯隊長心得・乃木希祐少佐は軍旗を薩摩軍に奪われるという一幕もあった。この間筑紫方面から続々南下してくる官軍に対し、薩軍は高瀬の平原に遭遇戦を展開していた。兵力は其々１万名を数え、官軍は薩軍に両翼を包囲されその司令部も蹴散らされようとしたほどであったが装備、兵站の欠陥、用兵の不手際からこの戦闘にも失敗、薩軍は西郷の末弟、西郷小兵衛を失った。

それから薩軍は菊地川南方、吉次峠から田原坂を経て山鹿に至る要線に後退の上陣地を占領、史上名高い田原坂の死闘が繰り広げられた。この要線は歴史的には加藤清正によって北方に対する熊本城防衛の第一線とされていたところであった。穏やかな火山噴出台地は段丘崖を形成し、路外にはいたるところに竹林が密生し昼なお暗く、凹道が連なり機動・展望・射撃を著しく妨げていた。３月４日から始まった田原坂の戦闘は２０日まで及んだ。この間官軍は、退くを知らない積極果敢な薩軍に対し、徒に正面攻撃の正攻法のみでは勝算の見込みなし、として薩軍背後への上陸作戦を実施していた。３月１９日に上陸に成功した官軍は、黒田清隆の指揮によって順調に進撃し、４月１５日には熊本城を包囲していた薩軍を破って熊本に入城した。

よく奮闘した薩軍主力も遂に城東地区に後退を余儀なくされ、南方に連なる要害の地、吉次峠の近傍では副将・篠原国幹が戦死した。最大時には２万余を数えた薩軍もこの頃には８千位に減じていた。
こののち薩軍は人吉盆地での攻防戦（４／２７−６／２１）を経て都城−佐土原−美々津と日向各地を転戦、８月中旬までには延岡の北方約６KMの長井村に追い詰められる。４ヶ月にもわたる後退作戦の連続で薩軍８千の兵力は半分以下の３千足らずまで減少、一方追撃態勢をとった官軍は、熊本鎮台はじめ第１、第２、第４旅団など総勢約５万人の多きに上った。

薩軍は長尾山から無鹿山にかけて拠点を占領、ここで官軍に打撃を与え、頃合を見て一挙に延岡を奪還する作戦であった。８月１５日　薩軍は攻勢を開始、官軍もまたこれに応戦して延北の山野は両軍の士で溢れた。戦況は一進一退のうちに、午後になるとさしもの薩軍も態勢は崩れ始め長尾山から熊田に敗退するの止む無きに至った。官軍は三方から北川の渓谷長井村に薩摩軍を追い詰め、袋の鼠となった薩軍は夜にかけて一部で延岡に進撃を図ったが、かえって官軍の反撃を浴び、中には降伏する部隊も現れた。西郷は「我軍の窮迫此処に至る。この際諸隊にして降らんとする者は降り、死せんとする者は死し」と布告、自らは陸軍大将の制服をはじめ重要書類を焼却、負傷した長男菊次郎には従者を付けて降伏するように指示した。このいわば「解散令」によって、熊本隊の６００人を筆頭に九州各地から馳せ参じた諸隊は相次いで官軍に降伏、一部は西郷に決別を告げて自刃した。

後退を決意した薩軍主力は３隊に分かれ、断崖を這うようにして可愛岳南岸の崖下を６時間かけて西進した。包囲警戒していた官軍もその方面の警戒は不十分であった。薩軍は集結すると歓声をあげ、一挙に官軍本営に突入した。第１旅団（野津鎮雄少将）、第２旅団（三好重臣少将）合同の出張本営は不意を衝かれて大混乱に陥り、その付近にあった食糧、弾薬多数は薩軍の手中に落ちた。
敵中から可愛岳を突破し一矢報いた薩軍は、岩戸、三田井と転じ、熊本に向かおうと主張した桐野の意見を退け軍を南に下った。地理に明るく身軽になった薩軍は九州山脈の山中に分散した官軍の虚を衝きながら南下を続け、９月１日には同地警備の新撰旅団を破って鹿児島市内に進出した。さらに本隊が到着する前に米倉にあった官軍残存部隊を撃退しようと、決死隊による夜襲を決行したが、貴島清ら有力な将兵を失う結果となり、大規模な出撃はこれが最後となった。

９月２４日　払暁とともに号砲が鳴り響き、官軍諸隊は一斉に攻撃前進をはじめ、ここに城山総攻撃の火蓋がきって落とされた。まず小倉荘九郎は大勢既に迫り来るを見て自刃してたおれ、桂四郎はじめ多くの諸将も銃弾に倒れた。西郷は着物に兵児帯をしめ裾をはしより草履姿で洞窟を出ると、飛来した弾丸により負傷した後、遥か東天を伏し拝み別府晋介の介錯によって自刃した。時に桜島の山頂を朝日が染めた７時過ぎ、隆盛５１歳であった。西郷の死を見届けた桐野、村田、別府、池上、辺見らの諸将も後を追い、枕を並べて討ち死にした。

こうして九州の山野に戦うこと７ヶ月、明治１０年９月２４日　薩摩軍は城山において全滅した。