Xen の構成は仮想マシンモニター、ドメイン0、ドメインUの3つのものから構成される。
仮想マシンモニター(VMM: Virtual Machine Monitor)またはハイパーバイザーと呼ばれるものは、ハードウェアを直接制御し、さらに仮想マシンの動作を監視したり仮想マシンにリソースを割り当てたりする。
これに対して Xen ではドメイン0と呼ばれる特別な仮想マシンがある。ドメイン0は仮想マシンではあるが、他のドメインUを制御する役割を果たす特殊な仮想マシンであり、特権ドメインとも呼ばれる。
ドメイン0は、ハードウェアにアクセスするためのデバイスドライバを持ち、またドメインUを管理するための Xen のコマンドを実行する権限をもつ。
Xen を実行するときは、まずドメイン0の OS を立ち上げ、それからドメインUの OS を実行する。
一方、ドメインUは、実際のハードウェアにアクセスするためのドライバを持っていない。そのため、ハードウェアを利用する場合には VMM を解してドメイン0のデバイスドライバに処理を依頼する。