モンメンが集団で行動し、カップルになって飛び立っていく時期。カップル成立のためには、好きなモンメンに自分の強さを見せつけるためバトルをするのがルール。
しかし、サトシたちの前でカップル成立のためにバトルをしていたモンメンは、あっさり負けてしまう。
くやしそうに追いすがる姿を見たサトシたちは、バトルの訓練に協力することに･･････。

突然、ナゾの飛行物体が、ものすごい光を発しながら飛んで来た！　その動きは、まるでUFOのよう･･････。
イモリという名の博士が、町外れの研究所に住んでいると知ったサトシたちは、話を聞くため研究所に向かっていた。その途中、3人は不思議な現象におそわれる！
そして、その様子を物かげから見つめる何者かの姿が。それは、指先のライトを不規則に点めつさせる“ブレインポケモン”リグレーだった･･････！

旅の途中、シューティーに出会ったサトシは、バトルを申しこむ！
シューティーはこの挑戦を受け、3対3のバトルをすることに！　サトシが最初に出したのはツタージャ！　一方、シューティーはツタージャの進化形、ジャノビーを送り出す！
三度目のライバルバトル、勝つのは、いったいどっちだ!?