JavaScript には Sleep や Wait のような仕組みはありません。
setTimeout 関数でブロック用のフラグを設けるくらいしか思いつきません。
正確な Wait でなくても良いのであれば、for を使うのも手でしょう

という風な感じに書かれているのですが
setTimeout 関数でブロック用のフラグというのは
どういった感じで書けばいいのでしょうか？

それとforを使うやりかたもどのように
書けばいいのか教えてくれませんか？

下記ソースしかできなかた

alert("開始");

//1秒ウェイト

_sleep(1000);

alert("1s経過");

//2秒ウェイト

sleep(2000);

//ループ使用

function _sleep(time){

var d1 = new Date().getTime();

var d2 = new Date().getTime();

while( d2 < d1 + time ){

d2=new Date().getTime();

}

return;

}

// settimeout使用

function sleep(time){

setTimeout(after, time);

}

function after(){

alert("2s経過");

}

「待ち状態」と言う中で、

①操作に応答しにくい状態での待ち(wait/ビジーウェイト/ループウェイト)

と、

②操作に応答しやすい状態での待ち(sleep相当)

の２つがありますが、

JavaScriptの場合は、

ループを使うと、操作を受け取りにくい状態の待ち（ビジーウェイト）、

間隔の広いsetTimeout,setIntervalを使うと、操作を受け取りやすい状態での待ち（sleep相当)

というような感じに近くなります。

また、「ある条件を一定間隔で監視し、条件を満たしたら処理を起動する」といった、「条件監視sleep」も実装可能です。

サンプルソースはこちらに設置しました。

JavaScript/Sleep,Waitの実装 - ジャックズラボ jack's Lab

特に永久ループにはならないとおもいま

　既に指摘されている通り，JavaScript単体sleep処理は書けません。(ビジーリードか非同期処理を用いる他無い。)負荷を掛けず，同期処理上でsleep相当の機能を実現するには，サーバ再度にsleep機能を持たせ同期指定でアクセスする，JavaAppletやFlashを使用する，等，JavaScript以外の環境の助けを借りる必要があります。以下のページにJavaAppletを使用したsleepの実装例が紹介されていますので，参考にどうぞ。

http://www.oklab.org/test/