水(みず)と緑(みどり)、古(ふる)い街並(まちな)みと近代的(きんだいてき)な建物(たてもの)が美(うつく)しく調和(ちょうわ)するクラウンシティ。
この地(ち)で開催(かいさい)されるポケモンバッカー・ワールドカップを観戦(かんせん)するため、サトシとピカチュウ一行(いっこう)はクラウンシティに向(む)かっていた。

旅(たび)の途中(とちゅう)、サトシたちは、仲間(なかま)を探(さが)しているというポケモン・ゾロアに出会(であ)い、行動(こうどう)をともにする。

一方(いっぽう)、クラウンシティでは、ゾロアークと呼(よ)ばれるポケモンがライコウ・エンテイ・スイクンに化(ば)けて街(まち)を破壊(はかい)するという事件(じけん)が起(お)きていた。
その様子(ようす)をモニターで眺(なが)める謎(なぞ)の男(おとこ)コーダイ。
そして、20年( ねん)ぶりにこの街(まち)に戻(もど)ったセレビィにも危機(きき)が迫(せま)っていた。

未来(みらい)を知(し)る男(おとこ)、コーダイのいだく野望(やぼう)とは!?
幻影(げんえい)の覇者(はしゃ)ゾロアークとは一体(いったい)何者(なにもの)なのか？
そして、セレビィの運命(うんめい) は？

はたしてサトシとピカチュウはこの街(まち)とポケモンたちのピンチを救(すく)うことが出来(でき)るのか？

幻影(げんえい)に隠(かく)された未来(みらい)が今(いま)、動(うご)きだす。