スキルアウトは二期の区切りの犠牲になったのだ。
アクセラレーターと結標に上層部は命令を下して無能力者狩りを行う能力者を消そうとした駒場利徳を消そうとした。能力者ではないとは言え、ハードテーピングを装着した駒場の動きに結標は敗北。もっとも、駒場は結標のとどめを確認しなかったせいで結標は生き延びていた。そしてアクセラレーターが次に駒場と遭遇する。あれだけ強いアクセラレーターがチャフで攪乱されて能力が使えなくなるんだ。今回の窮地は生き延びた結標が銃をテレポートさせたおかげで路地に空気を呼び込んでチャフを飛ばして能力を復帰させたみたいだが、アクセラレーターにはミノフスキー粒子みたいなのを充満させたら勝てるな。
駒場が何故能力者を狙ったのかは最後に分かる。アクセラレーターは駒場の意図をくんで「残業」をする。

これさ、まさか駒場と一緒に写っている女の子を何かするのかと思ったのだが、あとからWikipediaで駒場の項目を見てそうじゃない事が分かった。つーか、アニメでそこまで分かるの無理だろ。
こっちのリストが「残業」の標的なんだな。

その一方で上層部は同じスキルアウトの浜面に御坂美鈴暗殺の命令を下していた。なんでも御坂美鈴が学童疎開のリーダーをやって能力ある子供達が学園都市からひきあげられるのを上層部が嫌った為のものらしい。物騒すぎるな、学園都市。そんな災難にみまわれた御坂美鈴ではあるが、運の良い事に泥酔してアクセラレーターや当麻に絡んでおいたおかげで浜面らに襲われた時にこの二人が救援に駆けつける。まあアクセラレーターは半分ほどは上層部が悔しがりそうだと言う理由でもあったのだが。
しかし当麻の方は大まじめ。浜面との対決では当麻の説教面・戦闘能力面の両方が浜面を圧倒してぶちのめす。素手で当麻に勝てるヤツはそうそうおるまい。しかしこの課程で御坂母は当麻にすっかり惚れ込んだのではなかろうか。学童疎開の旗振りをしていたのが当麻みたいなのが居れば美琴も大丈夫だろうと思う程になったのだから、美琴の事はもうすっかり身体ごと当麻にあずけちゃいましょうなんて考えになるのではないかw
そして御坂美鈴が学童疎開から手を引いたのを奇貨に海原は上層部に色々と手を回して御坂美鈴暗殺計画を白紙にさせる。いやあ、御坂美鈴暗殺計画も無理筋の気がしたが、美鈴が学童疎開から手を引いたのなんてほんのちょっと前の出来事で、しかもそれが周囲には到底知られてもいない時点で海原が動くとか、繋がりが強引過ぎないか?
とりあえず土御門・海原・アクセラレーター・結標は同じ仲間であり、しかも上層部の鼻を明かそうと言う所で一致した模様。「楽しいね(byアクセラレーター)」との事。

EDで全員を登場させて最終回っぽくしたが、〆がインデックスの噛みつきと当麻の「不幸だー!」で終わらせるなんてどう見ても三期やる気まんまんだな。
でも二期はかなり絵があやしい場面があった。そしてアニメのみの視聴者を置いてきぼりにする展開も結構あった(今回のアクセラレーターのサービス残業なんて分からんだろ)。三期はこう言う所をもうちょっと何とかして欲しい。
大体、一話放送するごとに2ちゃんねるでQ&Aが出るとかおかしくない?