12日午前3時59分ごろ、長野県栄村で震度6強の地震があった。新潟県中越も6弱、群馬県北部と新潟県上越で5強を観測した。午前4時32分ごろと5時42分ごろにも、長野県で震度6弱の地震が起こるなど余震が相次いだ。
気象庁は12日の会見で「太平洋沖地震はプレート境界で発生する地震だが、今回は陸のプレートの地殻内で発生するものでタイプが違っている。M8・8という非常に大きな地震だったので、それによって、これまで受けていた地盤がかなり変化している可能性がある」などと説明。「11日の大地震(東日本大震災)に誘発された可能性は否定できない」とした。