ベスパのモビルスーツ"シャッコー"に乗り込んだ13歳の少年ウッソは、
それを取り戻すべく襲撃してきたクロノクルのゾロと激突。
だが、敵の圧倒的パワーの前にダメージを受けたウッソは、辛くも脱出。
彼の捜索に現れたマーベットのコアファイターと合流し、ウーイッグにあるリガ・ミリティアの秘密工場へと向かうのだが･･････。

宇宙の情勢を知ったファラ・グリフォンは、これまでの失態を取り戻すべくジブラルタルへの武力制圧を開始する。
一方、シャクティとシャトル発着場に来ていたウッソは、クロノクルの命を受け、
シャトルに乗り込もうとしているカテジナと出会うのだった。

クロノクル率いるトラッド艦隊がマケドニアに対して奇襲攻撃を開始する。
その混乱に乗じてリーンホースJr.はマケドニアからの脱出を果たすのだった。
その頃ベスパに捕えられたウッソは、ルペ・シノ大尉の恐ろしい拷問を受けることに･･･。

クロノクルは停戦協定発効前にリーンホースJr.を仕留めるために、
内容も確認せずピピニーデンの進言を無条件で受け入れた。
その作戦とはミューラを盾にしてウッソの動揺を誘い、V2ガンダムを仕留めるという卑怯極まりないものだった･･･。

平和を望むシャクティの祈りによってエンジェル・ハイロゥは崩壊を開始。
戦場では多くの命が奪われ、戦いはついに終結の時を迎えようとしていた。
シャクティの祈りが続くなか、ウッソとクロノクルそしてカテジナとの最後の戦いが始まる･･･。

未来世紀――多くの人類は、汚れた地球を捨てて、新天地を求めて旅立った。
宇宙へと飛び立った人々は、スペースコロニー国家を作り生活をしていた。
そして各国の政府は、かつて地球で行われたような軍事衝突を避けるため、ひとつの法律を可決させる。
地球をリングに4年に1度各国のガンダム同士を闘わせ、
そして優勝した国に4年間の政治的実権が保証される制度――それは「ガンダムファイト」と呼ばれた。
ある日、スラムと化したローマのスペイン広場に巨大な隕石（＝ブッドキャリアー）が落ちた。
時同じくして、荒れ果てた酒場で、マフィアの一団を叩きのめした男がいる。
彼の名はドモン・カッシュ。シャイニングガンダムに搭乗するネオジャパン代表のガンダムファイターだ。
それを聞きつけた、マフィアのボスであり、ネオイタリアのガンダムファイターであるミケロ・チャリオットは、
非情な手段でドモンに闘いを挑む。
激しい闘いとなるが、ドモンはシャイニングガンダムの必殺技"シャイニング・フィンガー"を繰り出し、
ミケロのネロスガンダムはその圧倒的なパワーに頭部を破壊され、敗北した。
こうして第13回ガンダムファイトが開始されるのだった。

各国のガンダムより少し遅れて、シャッフル同盟はネオホンコンにたどり着いた。
そのころ、ドモンは新型モビルファイター、ゴッドガンダムに乗り込むが動かすことができずにいた。
止めを刺すため襲いかかろうとするマスターガンダム。
ドモンはゴッドガンダムを起動させマスターガンダムに立ち向かう。

四天王と化したアレンビーに立ち向かうレインのライジングガンダム。
マスターとの決戦を前に、シュバルツの真実の姿を知らされるドモン。
紋章の重さを噛みしめながら、彼は愛する兄たちを救うため、悲しみの石破天驚拳を撃つのです！

デビルガンダムを葬ったドモン。
ついにマスター・アジアとの最大最後のガンダムファイトが始まった。
その中で語られるマスターの本当の目的。
それは地球を愛するが故、頂点を極めた者だけが導き出せた答えだった！

活動を再開したデビルガンダムに、ガンダム連合は大ピンチ。
しかも、閉ざされたレインの心が、究極の最終形態を生み出してしまいます。
なんと、ドモンは最後の敵がレインだと知って、闘いを放棄！ 果たして、全宇宙の運命やいかに！

地球圏統一連合の圧政によってコロニー住民の不満は募りつつある時代。
AC（アフターコロニー）195年、軍事組織の水面下で独裁と支配を目論む秘密結社"OZ"の独裁を阻止するため、
各スペースコロニーから５機のガンダムが隕石に擬装し、地球降下作戦「オペレーションメテオ」を決行。
しかし、ヒイロ・ユイが乗るウイングガンダムは、降下作戦の軌道上で、OZの攻撃輸送船に発見されてしまう。
輸送船に搭乗していたスペシャルズ特佐ゼクス・マーキスは、いち早く作戦を察知し、ＭＳリーオーで参戦する。
ゼクスの辛勝により、海へと沈められたウイングガンダム。間一髪で脱出に成功したヒイロは、近くの海岸に流れ着いていた。
父であるドーリアン外交官の仕事のため、宇宙から地球へ戻ってきたリリーナ・ドーリアンは、海岸に流れ着いていたヒイロを発見。
リリーナに顔を見られたヒイロは、自殺を図るが失敗に終わり、駆けつけた救急車を奪って逃走する。
それから数日後、ヒイロはリリーナの学園に転校してきた。
無事であったことに安堵するリリーナに対し、ヒイロは「お前を殺す」と宣告するのだった。

何者かによって奇襲をかけられ、ＯＺの資源衛星が消滅したという情報が入る。
それも、敵はバスターライフル１撃で破壊したらしい。
５人の博士たちは、驚異的な威力からオリジナルガンダム＝ウイングガンダムゼロであると推測する。
メリクリウスとヴァイエイトで迎撃に向かったトロワとヒイロは、ウイングガンダムゼロのパイロットがカトルであることを確認する。
トロワは、新たな戦力にＯＺ反撃の好機を考えたが、ヒイロはカトルの行動に疑問を感じていた。
ウイングガンダムゼロに近づいたヴァイエイトは、攻撃を受けてしまう。
カトルは以前の優しさを完全に失ってしまい、武装を続けるコロニーの破壊を宣言してきた。
そのころ、モビルドールよりガンダムパイロットたちを優先させるレディ・アンに苛立ちを覚えたツバロフは、
パイロットと５人の博士たちの収容室の空気供給機を切り、始末しようとする。
あがくデュオと対照的に五飛は、冷静に改良型ガンダムのチェックをしていた。
生き残ったときすぐに行動へ移せるよう、わずかな可能性に賭けて。

ゼクスが率いるホワイトファングとトレーズが指揮をとる地球軍の戦いは激しさを増していた。
どちらにも属さないガンダムパイロットたちは、現状リーブラが人類にとっての脅威だと判断し、進撃を開始する。
しかし行く手を阻むエピオンとビルゴⅡの絶妙なコンビネーションに身動きがとれなくなっていた。
その間ゼクスは、ピースミリオンに攻撃を仕掛けるが、彼の前にトーラスに乗るノインが現れる。
しかし、ノインはゼクスに攻撃を仕掛けてこない。ノインの思いに敗北したゼクスは、ピースミリオンを見逃してしまう。
ピースミリオンは、リーブラの主砲を破壊し、もはや打つ手をすべてうしなわせたかのように見えた。
ゼクスは、まだエンジンが動くことを確認し、リーブラを質量弾として地球へ降下させようとする。
ヒイロは決戦の時がきたと悟り、リリーナに見送られてウイングガンダムゼロに搭乗する。
そのころ五飛は、ヒイロ同様かつての決着をつけるためトレーズの元へ。
リーブラに侵入したカトルはドロシーと対峙していた。

全宇宙を巻き込んだ戦争は幕を閉じた。しかしヒイロとゼクスの戦いは、まだ終結を向かえていなかった。
敗北宣言したレディ・アンは、資源衛星ＭＯ-Ⅱに生存者を避難させるよう指示。そこへ到着したリリーナらを快く迎えた。
レディ・アンは、戦争がもつ哀しさとむなしさを民衆の心に刻ませるために、全宇宙でゼクスとヒイロの戦いを中継させた。
ハワードは、リーブラが落下した場合、地球全土に被害が及ぶことを指摘。
デュオによってリーブラへ送り届けられた５博士は、落下を阻止しようと行動する。
そこへオペレーション・メテオの指令をだしたカーンズが現れた。
宇宙の指導者、ヒイロ・ユイの復讐のため、オペレーション・メテオを発動し、今またリーブラを地球へ落とそうとするカーンズ。
しかし、５人の博士たちは戦乱を招いてしまった自らを裁くため、動力を暴走させてリーブラを自爆させた。
しかし、依然落下を続けるリーブラの一部。
破壊するためには、ガンダムの自爆装置しかないと判断したヒイロは、自爆装置に手をかける。

ひとつのスペースコロニーが起こした独立戦争が発端となった紛争は、
地球連邦側とスペースコロニー側の全面戦争にまで拡大し、
宇宙革命軍がコロニー落とし作戦を盾に地球連邦に降伏を迫ったことに対して、
連邦軍が徹底抗戦の姿勢を崩すことなく決戦兵器「ガンダム」を投入し戦闘を泥沼化させたため、ついに最悪の結果を迎えてしまう。
コロニー落としにより地球は壊滅的な被害を受け、100億を誇った人口はそのほとんどを失った。
そして15年の時が流れた。

A.W.0015（アフターウォー・ダブルオーフィフティーン）。
地球環境がようやく安定期に入った地上では少ない物資を勝ち取るため人々の争いが絶えず、
略奪者が跋扈する混乱の時代を迎えていた。
戦災孤児のガロード・ランは、かつてメカニックを夢見た頃の知識を活かし、
モビルスーツを奪っては売り歩くような商売でどうにか生き延びていた。
そんな彼の腕を見込み、謎の紳士ライク・アントはティファ・アディールという名の少女を奪還して欲しいと依頼してくる。
仕事を引き受けたガロードは、
ティファを連れ去ったバルチャー(過去の兵器や電子部品を漁り売りさばく『ハゲタカ』の意味を持つ集団)のひとつ、
ジャミル・ニートが率いる陸上戦艦フリーデンへと潜入した。
船内を物色したガロードは、行きがけの駄賃とばかりに謎のコントロールユニットを持ち出すと、
目的のティファを連れ出し依頼者の元へ届けた。
しかしアントを見たティファが突然怯え出したことから彼女を連れたまま離脱。
アントのモビルスーツ部隊に追撃されると、ティファに導かれるまま旧連邦地下工場に逃げ込み、そこでガンダムＸを発見した。
そして偶然盗んできたコントロールユニット、Ｇコンを使いガンダムＸを起動させると、アントのモビルスーツ部隊を撃退する。
だがそこへフリーデンが追いつき、2機のガンダムを追っ手として差し向けられてしまった。

ジャミルとティファを乗せた輸送船にダブルエックスがあると推測したカトックとガロードは、それを奪取するべく船に殴り込んだ。
そのガロードの行動をティファから教えられたジャミルは、兵士から銃を奪うと彼女を連れて脱出を開始する。
まっすぐ格納庫を目差したガロードとカトックは、ダブルエックスを発見するものの狙撃部隊を前に身動きできないでいた。
更に増援部隊が迫る中、一計を案じたカトックは援護射撃をすることで一気にガロードをダブルエックスに乗せようと考える。
しかしコクピットにＧコンはなく、ガロードとカトックは窮地に陥ってしまった。
それを助けたのは、Ｇコンを保管室から持ち出したジャミルとティファだった。
だが油断したガロードをかばったカトックが銃撃に倒れる。
カトックの死を悲しむ間もなくダブルエックスに乗り込んだガロードは、三人を連れて脱出。
エニルの助けでゾンダーエプタからの脱出に成功したフリーデンと合流すると、追撃部隊を撃破し
ゾンダーエプタもサテライトキャノンで蒸発させた。
そして、これまで秘密裏に動いていた政府再建委員会は、ついに総司令官ブラッドマンにより新連邦政府樹立を宣言する。
その場には上司のアイムザットを暗殺したフロスト兄弟の姿があった。

宇宙では新連邦と革命軍の戦いが続いていた。
ガロードたちは不思議な空間でファーストニュータイプの意思＝D.O.M.Eと接触した。
D.O.M.Eは"人を超えた力"と"人の革新"とは別のことであり、ニュータイプとは幻想であると告げる。
ガロードのような心の強さこそ、未来を作る力だと言うのだ。そして普通の人間として暮らしたいというティファには、
"ニュータイプ"という言葉を捨てれば願いはかなうと言い、D.O.M.Eは別れを告げた。
"ニュータイプ"など存在しなかった。D.O.M.Eの言葉を受け入れたガロードたちは新たな未来を拓こうとするが、
過去に囚われたザイデルとブラッドマンは戦闘を継続しようとする。
フロスト兄弟はサテライトランチャーで彼らを葬り去り、世界を再び滅ぼそうとする。
過ちを繰り返させまいとするガロードはサテライトキャノンを放ち、サテライトランチャーとの激突の中、
月面基地もその爆発に巻き込まれていった。
そして半年後。フリーデンは解散し、カリスはひとり離れていった。
新連邦の和平協議会の一員となったジャミルとサラは、革命軍の代表として現れたランスローと再会。
シンゴとキッドとパーラたちは修理工場を開き、テクスは未だ続く戦闘の中で野戦病院に勤務していた。
ウィッツはトニヤを故郷に連れて帰り、そこにロアビィとエニルが現れる。
ガロードとティファは共に旅立ち、新たな時代を、月が静かに見守っていた。

地球の地表へ向かって、人型をした機械"モビルスーツ・フラット"が数機ほど降下していく。
一機にはロラン・セアックとキース・レジェ、フラン・ドールという３人の少年と少女が乗っていた。
そのひとり、ロランはノース・アメリア大陸の東にあるビシニティという町に辿り着き、
近くの川で溺れてしまうが、幸運にもふたりの姉妹に助けられた。
姉妹の名はキエル・ハイムとソシエ・ハイム。その日は町の成人式の日だった。
１５歳になった少年と少女が御輿を担ぎ、近くのアーク山へ向かうのだ。
麓に着いた少年少女を代表して、キエルは"ホワイトドール"と呼ばれている石像の前で
成人式の主役を務め、その様子を見たロランはとても感動する。
姉妹の父が経営する鉱山に雇われたロランは、２年後、自動車の運転手に抜擢された。
その日、グエン・サード・ラインフォードと名乗る青年と会うロラン。
ガリア大陸との戦争に備えて工業化を進めているグエンが、２年前、コヨーテに襲われたのを助けてくれた人で、
ビシニティを含むイングレッサ領の主の御曹司と初めて知る。
ある日、ノックスの街に出たロランは、そこで別れたきりだったキースとフランに再会できた。
ふたりはそれぞれパン屋と新聞社で働いていたが、３人の心配は土に埋まったはずの"フラット"が誰かに見つかること。
深夜、ひとり山中へ向かったロランは、"フラット"が埋まっていることを確かめると安心して大声で叫んだ。
「地球はとてもいいところだ！　みんな～！　早く帰って来い～っ！！」と。
だが、その叫んだ先が夜空に輝く月だということを、不審に思って尾行していたソシエが見ていたのだ。

ボストニア城で月と地球側の会議が行われた。月側の休戦協定破りを責める地球の領主達に対し、
ディアナは今まで入植したムーンレィスを引きあげることを申し出て、交換条件として交渉再開を約束させる。
その手腕にグエンは瞠目するが、一方で月に帰れぬ事情があるかもしれないと洞察する。
ホワイトドールの操縦を覚えきれないソシエは、ロランにまた救われたことが悔しかった。そこへシドたちが訪ねてきた。
ロランの持っている手帳に出る、機械人形の操縦マニュアルの情報全部を写真に収めて焼き増しするという。
使用人のジェシカからは、ハイム夫人の様態を案じて、お嬢さんに帰ってきてほしいという嘆願がくる。
同じ頃、ボストニア城にはキエルが招かれていた。民間レベルの情報交換のために、ディアナが希望したのだ。
グエンは更にディアナに飛行船での地上視察を勧め、準備を始める。
ミリシャの陣地では、掘り出されたフラットの代価として札束がキースに支払われた。
喜ぶキースはパン工場を造り、パンを持ってきますと約束。
視察の通達はそこにも届き、ミリシャには徹底した休戦状態が厳命される。
出発を待つディアナとキエルは、自分たちが似ていると気づく。
そして遊び心から衣服を交換、すり替わったまま視察へと出かける。
飛行船にはビシニティに帰るソシエとロランも乗っていた。
ソシエは、姉キエルに扮したディアナに母を見舞うよう訴える。グエンはソシエの願いを聞き、飛行船をビシニティへ向けた。
護衛のハリー中尉のゴールドスモーが遠くから見守っている。
キエルに扮したディアナは、途中の車内から町に残る戦火の爪痕を見て心を痛める。
やがてビシニティ空港へ到着、一行はハイム家を訪れる。
キエルに扮したディアナは夫人の痛々しい様子を見、さらにハイム氏の墓を見て、自分の責任を痛感する。
墓前にひざまづき謝り続けるその姿にキエルは心打たれ、父の墓を前にキエルだと名乗れず涙ぐむのだった。

メリーベルが作動させた∀ガンダムの"月光蝶"システムは、嵐を呼び、甚大な破壊を引き起こした。
危険を感じたグエンはギンガナムに∀ガンダムを渡してくれと要求する。
ロランたちの元に現れたコレンは∀ガンダムの月光蝶が
「汚染物質分解型のナノマシン（ナノサイズの微少ロボット）をＩフィールドで拡散するシステムだ」と説明する。
対抗策も判ると言うコレンは戦列への参加を希望した。
ジェセフは裏切ったグエンの腹を探り、あわよくば∀ガンダムを取り返そうとフラットで出撃する。
そして、フランとロランが止めようとそれを追う。
一方、ステロのモビルスーツ部隊は、ディアナ・カウンターに宣戦を布告、攻撃を開始した。
驚いたフィル、ミラン等は通信を送るが、ギンガナムは黙殺して、殲滅を命じた。
知らせを受けた戦艦ホエールズで、ディアナは皆に「私たちも撃って出ましょう」という。
「月と地球の民が手と手を取り合って生活できる世界を作る」ために
「一度はディアナを裏切ったフィルたちディアナ・カウンターの人々を信じましょう」
というディアナの言葉にキエルは同じ思いを持った。そして、ハリーに全軍を出撃させて、さらにコレン軍曹を呼ぶ。
宇宙船ウィルゲムに着艦したジョセフとロランたちはグエンの説得を試みる。
ジョゼフに問いつめられたグエンは、ムーンレィスの文化に飲み込まれないように手を組んだと話して、
地球産機械人形部隊の指揮を執らないかと逆に持ちかける。だが、ジョゼフはグエンの申し出を拒絶。
そして、ウィルゲムからの脱走を図ったブルーノとヤコップが火事騒ぎを起こす。
ジョゼフも乗ってきたフラットの装備を爆発させて、ロランにフランを連れて逃げろと叫んだ。
脱出するロランたち。整備された∀ガンダムへロランが乗り込もうとするとジョセフがさっさと割り込んだ。
同じ頃、荒野の戦場に駆けつけたディアナ軍はステロ隊に攻撃をかける。
そして、ディアナはコレンが操縦する複葉機ヒップヘビーでディアナ・カウンターの旗艦ソレイユへ降り立った。
ソレイユのディアナ・カウンターの兵士たちは全員、女王の帰還を喜んだ。
ディアナは駆けつけたフィルとミランに対すると、かつての行為を咎めず、
地球の戦力と協力してギンガナム軍を挟撃するために力を貸してほしいと願いに２人はディアナの温情に恭順する。
ディアナ・カウンターの結束が再び固まったのだ。

２機のターンタイプをディアナが追っていると知ったハリーは、ソレイユ以下の艦隊にギンガナム艦隊の制圧を命じ、
戦場に向かわないようにしたが、ディアナはそれでもロスト・マウンテンに向かうよう指示する。
フィル少佐は、反逆罪に問われても女王を守るためと言って船を動かさなかった。
コレンもロランの加勢をするためにソシエたちの協力を得て、カプルを遠くまで飛ばす。
コレンは、最後にソシエたちの身を案じてブルーノたちに彼女等を収容することを命令する。
キエルの戦艦ホエールズもロスト・マウンテンに向かうが、ひとり、リリは、墜落寸前のグエンの宇宙船ウィルゲムを追っていた。
ギンガナムは、人間は戦いを忘れることなどできはしない、だからターンＸで全てを破壊し、
新しい時代を始めるとロランを挑発する。
メリーベルも最後の戦いに加わろうとするが、コレンのカプルに撃破されてしまう。
そしてターンＸにも飛び掛るが、圧倒的なパワーにかなわずコレンカプルごと破壊されてしまう。
ソレイユのディアナは月光蝶の被害を少しでも減らすため、バリアーを張りつつ戦場へ近づく。
同じ頃、不時着したウィルゲムの甲板にグエンが佇んでいた。
追いついたリリは、メリーベルが乱入して気絶するのと、逃げ出したはずのミハエル達の飛行船が風に流されて近づくのを認めて、
グエンに「アメリアは自分が治める」と告げる。
戦場で、ギンガナムはディアナに遠ざけられたことで彼女を否定するようになった心情を吐き出し、戦いを楽しむ。
これに対してロランは捨て身でターンＸの攻撃を浴び、∀ガンダムごとビーム・サーベルで突き刺し２機の動きを止める。
コックピットから逃れたギンガナムとロランは生身で斬り合うが、月光蝶の糸のようなものにギンガナムは絡まれて倒れた。
ソシエがフラットでロランを救出した直後、２機のターンタイプは月光蝶の光に包まれて繭玉になり、
やがて、小さなマウンテン・サイクルに変化した。
戦争終結から半年ほど経った頃。月と地球間の定期便が開通する。その宇宙船"ローラ号"にはキエルとハリーが乗り込む。
そして、金色の落ち葉が降る湖畔のログハウスに隠棲したディアナの傍には、ロランの姿があった。

ザフトと連合の開戦から１１ヵ月余りが過ぎた。
Ｌ５に浮かぶ中立国オーブの資源衛星ヘリオポリス。そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトは、
いつものようにゼミを訪れ、そこでコロニーに侵入したザフト軍によるガンダム奪取作戦に遭遇する。
工場各所で起こる爆発と、プラント内に侵入してくるＭＳジンにより混乱に陥るヘリオポリス。
奇襲は成功し、秘密裏に建造されていた連合初のＭＳ・ガンダムは５機のうち３機までがザフトの手に落ちた。
避難場所を探していたキラは、逃げ遅れた一人の少女を追って工場区画に迷い込み、
そこで偶然に残る２機のガンダムを目撃する。なぜか、それを見て絶叫する少女。
キラは何とか彼女を避難させるが、キラ自身の行く場がない。
居合わせていた連合士官マリュー・ラミアスは、彼を残されていたＭＳ・ストライクの中へ案内しようとする。
が、そこにザフト兵の襲撃が！･･･それはかつてのキラの親友、アスラン・ザラだったのだ。