彼女は1997年4月、日本初のプロフェッショナルホメオパスを養成する専門教育機関ロイヤル・アカデミー・オブ・ホメオパシー（RAH）を設立。最初から質の高いホメオパシー教育めざした。これまでに同校で教鞭をとった主要なすぐれた海外講師は、以下の通りとなっている。

Michel Odent, Farokh Master, David Needleman, Ian Watson, Didier Grandgeorge, Jan Scholten, Robin Murphy, Rosina Sonnenschmidt, John Morgan, David Howell, Raj Bains, Mario Boyadzhiev, Arthur Bailey, Martin Miles, Colin Griffith, Miranda Castro, Frans Vermeulen, Yubraj Sharma, S. K. Banerjea, Rudi Verspoor, Ewald Stoteler, David Lilley, George Dimitriadis, Trevor Gunn, Margaret Roy, Jacques Benveniste, Melissa Assilem, Robert Davidson, Jonathan Stallick, Myriam Shivadikar, Phil Wander, Sam Needleman, Andrew Lockie, Roger Dyson, Trevor Adams, Alize Timmerman, Jane Whitehead, Robert Duddell, Mike Bridger, Peter Crockett, H.E. van der Zee, Shaik Rahmathullah, Steve Smith, Elizabeth Adalian, John Hoare, Frederick Schroyens, Linda Gwillim, Jerome Whitney, Ellen Kramer, Rachel Roberts, Richard Kenchington, Geoff Johnson, Bob Wooler, Peter Morrell, Colin Lessell, Hilery Dorrian, Frederick Cole, William Nelson, Victor Sims, Karin Mont, など。

日本に招待された講師の一人であるロジ−ナゾンデンシュミット氏は、RAHについて記事を書いています。ドイツの科学雑誌「Raum & Zeit」において、

こういった活動により、世界各地で取り組まれている最先端・最前線のホメオパシーの知恵が日本に入ることにより、短期間で日本のホメオパシーの学問レベルは世界レベルに達し、１つのドグマにとらわれない自由な学風をもつユニークな教育機関として発展する。なお、後述するがRAHの関連以外でも海外のホメオパシー関係者の来日はこの１０年間、相次ぎ、海外と日本のホメオパシーの知の交流は大きく進むことになる。また、同校は２００６年には英国ロンドンを本校とし、ハイテク技術を駆使、ロンドンと日本国内の６拠点（札幌、東京、名古屋、大阪、京都、福岡）をインターネットTV中継で結ぶ授業を展開、パートタイム、フルタイムコースを併せ持ち、２００６年からは、アニマルホメオパス養成コースも行う進取に気鋭に富んだ、実践校として、特に海外から招聘した講師ホメオパスからも、非常に高い評価を得ている。

ホメオパシーにおいて理論的な知識を身につけることは重要である。オーガノンに語られているホメオパシーの基本原理の解説から、マヤズム理論、マテリアメディカ、ホメオパシー医学の視点からの病理・生理・解剖学なども学ぶことになるが、理論は実践においてその正否が判断されるものである。RAHのポリシーは「メソッドは患者一人一人に合うものを採用すべきで、一つの手法にとらわれるべきではない」というものである。学生たちはひとつのメソットにかたよることなく、様々な手法を学ぶことができ、一人の患者に最適なメソッドを選ぶことができるよう、訓練される。また、実践重視のため、１００以上の先輩ホメオパスのケーススタディなどを行なう。特に、由井が実践重視の立場で、1996年以降、現代日本人に通用するホメオパシーを実践した結果、特に、現代病とも言われるアレルギー、発達障害（自閉症、多動）、自己免疫疾患（がん、エイズ）、精神疾患、インナーチャイルドなど多くの難治の病気や医原病、薬害害、環境毒に対するホメオパシーへの応用という面では、日本のホメオパシーは大きく前進することとなる。学術的な国際交流も盛んであり、由井は。2003年、英国Homoeopathic Medical Association（HMA）コングレスで発表。由井が2007年は、ドバイでの国際コンファレンスで医原病について発表している。

由井はホメオパスという職業に対する社会的認識が無い日本で、1998年4月1日、日本でのホメオパシー医学の正しい普及と発展を図るためのホメオパシー普及団体として、また、ホメオパシー医学の教育の基礎を作り上げる学術団体として、また、プロフェッショナルホメオパスを認定・審査・指導する職業団体として日本ホメオパシー医学協会を立ち上げた。日本歴史上初のプロフェッショナルホメオパスの為の団体である。活動としては、ホメオパスの認定試験の実施、教育・指導に始まり、ホメオパス向け職業保険の運用、年次学術大会の開催、会員向け学術誌ホメオパシックジャーナル（季刊）の発行を行なっている。また、日本でホメオパスがホメオパシー健康相談を行う日本ホメオパシーセンターの管轄・認定、ホメオパス教育機関の認定・管轄、ホメオパシー普及のために取り組んでおられる方の会員組織であるホメオパシーとらのこ会の認定、管轄、ホメオパシー普及のためのセミナーやイベント出展を行っている。

ドバイでの国際コンファレンス、ハイデルベルグで行われたInternational Council for Homeopathy（ICH）の第１回の総会には日本代表としてJPHMAの由井出席。

2008年5月現在は、その会員数は、学生を含め700名。日本でホメオパシー治療を施すホメオパスと、それを受ける患者を守る為の、ホメオパシー保険が、2005年夏に適用となり、この職業保険成立を持って、JPHMAはICHへの加盟が認められ、また2006年から、それまでの英国HMAのホメオパス認定という制度からJPHMA独自のホメオパス認定制度へ発展することになる。

2000年にJPHMAがHMAの試験官を招き、在日英国大使館で日本で初めてのHMAの認定ホメオパス試験を日本語通訳付で実施し、１０名のHMA認定ホメオパスが誕生して以来、日本国内で、2007年までに認定試験を受け合格し、JPHMAの認定ホメオパスとして登録されている数は２９０名。2008年には、400名を超える見込みである。

JPHMAは、とても開かれた団体であり、学んできた流派（クラシカル、プラクティカルなど）を問わず、海外など他のホメオパス教育機関を卒業し、実力を備えているものや、海外など他のホメオパシー協会に所属し活躍されていたものまでいる。そして、JPHMAの試験を受け合格したものは、JPHMA認定ホメオパスに登録し日本国内で活躍することができる。また、JPHMA認定の教育機関RAH以外の卒業生でもJPHMA試験を受けてJPHMA認定ホメオパスとして活躍する事例もでてきている。

JPHMAの理念は、「認定を受けたホメオパス養成専門校にて、必要かつ十分な一定期間ホメオパシーを学び、ホメオパスとしての知識と技能と資質が、権威と伝統ある協会によって厳格に試験され、合格し、認定を受けてはじめて、認定ホメオパス（プロフェッショナルホメオパス）としてこれを職業とすることが可能となる」という考えを支持し、医師、医療従事者であるなしにかかわらず、上記のとおりの訓練を受け、権威と伝統ある協会によって厳格に試験され、合格し、認定を受けたプロフェッショナルホメオパスが職業として、人々にホメオパシー治療を提供すべきであると考えている。
日本には、「医師の資格を持った人間でなければ、ホメオパシー治療をすべきでない」というJPHMAとは異なる理念を持ったホメオパシー医学会（JPSH）が２０００年１月に設立された。同団体は医師、歯科医師、獣医師が中心となり、帯津良一医師により、設立された。ホメオパシー医学会とは、医師の資格を持たない人がホメオパスを職業とすることができるかどうかで、JPHMAとはその理念を異にしている。

JPHMAとJPSHはホメオパス資格について、他の国でも見られるように、医師資格を必須するとしないかで理念の相違はある団体であるが、両団体が対立しているものではない。また、日本で医師と医師以外のホメオパスが対立しているというような間違った情報が流されたこともあるがこれは全くの誤解である。JPHMAは当初から現代医学の必要性は認めており、現代西洋医学とホメオパシー医学は、それぞれ得手、不得手とするところがあり、お互いに補完し協力することで国民に最大の貢献が可能であることを謳っており、（JPHMAは必要な場合は現代医学にかかることを勧めています）、JPSHの会長の帯津良一医師も補完代替医療の重要性を認める医師で、同氏が会長をつとめるホリスティック医学協会には、医師資格を持たない人も多く所属し、活躍している。また、JPHMAに属する医師、歯科医師、獣医師などの医療従事者も多く、また、JPHMA由井会長も、過去、帯津氏が主催するホリスティック医学協会で講演を実施しており、日本人間ドック学会、日本未病システム学会、日本助産学会などでの医療関係者を対象にした学会にもJPHMAの参加、医療関係者向けのセミナーも実施している。また、由井氏が学長のRAHで学んだ医師で現在、JSHに所属しているホメオパスもいる。特に、近年、予防医学や、代替医療などの分野で、また、自閉症や多動などの発達障害の分野や、自己免疫疾患や薬害などの難治の分野でのホメオパシーの現場への応用については、特に最近はニーズが高まっている。また、一部の大学の医学部でも、ホメオパシーの講義が取り入られる動きもある。（2008年には、設立１０周年の日本ホメオパシー医学協会の年次学術大会は、「アトピー,自閉,多動,癌難病大国日本それにおけるホメオパシー医学からのアプローチ」というテーマで一般公開され、全国各地で活躍するホメオパスがケース発表を行いますが、同時に医療関係者も含めたパネルディスカッションも予定されている）

尚、2002年から、ジョージ・ブトーカーが主催するIACHが４年制の通信教育中心（年間授業日数１２日）のスクールを開講しており、２００６年に初めて卒業生を送りだしている。また海外の通信制のコースで学ぶものや、海外のホメオパシー学校に留学して、ホメオパシーを学ぶ学生も増えている。民間でのホメオパシーを学びたいというニーズも高まり、セミナーや講習会やセルフケア向け講座なども近年は数多く開催されるようになった。認定ホメオパス資格を前提としない複数のスクールが誕生し、日本でも活動している。尚、ホメオパスでもなく、ホメオパシーを学んだこともない学長が学校を立ち上げ、講師陣もホメオパス資格を持たないものが担当してきたスクールがあり、卒業してもホメオパス資格が取得できなかったり、多くの方が卒業できずに学校をやめる被害が出ていたりするケースが問題となっており、仮にも、ホメオパシーの名前を語るからには、社会的モラルはもちろん一定の水準以上のレベルを持つことこそがホメオパシーが日本で市民権を持つためには必要条件であり、心あるホメオパシー関係者はこのような事態をまことに遺憾に思っている。また、資格をもたずに自称ホメオパスとして活動している人も複数でてきており、ホメオパシー利用者の間で一部混乱も見られる。日本国内の職業保険を持つホメオパシー団体に属さずに活動するホメオパスもおり、やはり職業としてホメオパスが認知されていくためには、JPHMAやJPSHのように職業保険に入った団体に登録して活動することが最低限のモラルであると考える。このように今後、認定ホメオパスが国家資格や国家資格に準じる資格に認められていき、職業として国民にしっかりと認知されていくためには解決すべき課題も多い。そのためには、日本国内でも国家資格と認められた鍼灸師、柔道整復師などのように、ホメオパス職業団体が分裂せずに、１枚岩となって、国民の健康に貢献していくことがとても大切であると考えている。

JPHMAでは、設立当初から、ホメオパシーの健康相談に、1時間　８０００円〜１５０００円という職業モラル料金を設けた。これは、認定ホメオパスである会員が守るべき基準であり、前述のような事件や、１時間のセッションで１５万円も取って、ホメオパシー治療を行っていた方がいた人も過去にたいたので、今後ホメオパシーが普及していくには、利用者が安心してホメオパシーを利用できるようにとの意図で設定されたものです。
もう一つの教育は、一般の人々が、応急時やマイナーな症状にホメオパシーで対応できる為の啓蒙的なもの。由井は、ホメオパシーの基本哲学である「症状はありがたい」をキャッチフレーズに日本全国各地で、精力的な講演会活動を実施し、由井の言葉とホメオパシーの魅力は、日本国民の心を揺さぶり、共鳴する多くの人々が、ホメオパシーを使用する決意をし、実践し始めた。２００７年　東京　癒しフェアで行われた由井の講演会には約１０００名が参加した。また、JPHMAが認定するホメオパシーに取り組む方々にユーザー会であるホメオパシーとらのこ会も１９９８年にスタート、季刊のホメオパシー情報誌「オアシス」を発刊し、ホメオパシーに取り組んでおられる方々をつなぐ心の架け橋の役割を果たしているが、２００８年で会員は２万人を超えた。ホメオパシーとらのこ会は、２００４年にチャールズ皇太子の統合健康財団の法人擁護団体に登録されました。
ホメオパシーとらのこ会の体験談のWeb-site日々寄せられる数は増え続ける一方で、ホメオパシー無しの生活は考えられない人々が確実に増えている事が伺える。また健康やスポーツの分野でもホメオパシーは注目を集めており、２００８年４月には、世界ホメオパシー認識週間の２００８年度のテーマ「スポーツとホメオパシー」への参加行事として、JPHMAでは、神奈川保健福祉大学講師の増田敬子さんと、由井会長が共同で「体の動かし方とホメオパシー」（http://www.worldhomeopathy.org/index.html）を実施した。また、ワールドカップサッカー元日本代表監督をつとめたフィリップ・トルシエ総監督率いるプロサッカーチームFC琉球に対しては、JPHMAがホメオパシーでのサポートを2008年から実施している。

また、由井氏は、当時、日本では、それまで一部では１本　１万５０００円で売られていたが、ホメオパシーのレメディーを国民に廉価で供給することがホメオパシーの日本での普及には不可欠との判断から、私財を投じて、ホメオパシージャパン株式会社を設立（現在はホメオパスとしての活動と教育、JPHMAの活動に専念するため、同社の経営からは退く）、同社は英国HELIOS社と技術提携、日本総代理店契約を結び、３０Cのレメディーが税抜き５００円（１コインレメディー）で供給できる形をとる。また、セルフケアが家庭に浸透するためには、ホームキットの普及が不可欠との判断から、各種ホームキットも開発し、ホメオパシーが家庭に浸透するツールとなった。日本では、ドイツのシュスラーの必須微量元素（ティッシュソルト）の理論に基づき体内必須ミネラルを調節するホメオパシー製品や、ノゾースのレメディーを活用し、予防医学や免疫力UPにつながるレメディーのセット、体毒の排出を促進するセット、薬や予防接種でたまった体毒を排出するレメディーやホメオパシー技術応用商品、インナーチャイルドや心のトラウマを癒すホメオパシー製品など数多くの画期的な製品を開発することで、現代日本人の健康ニーズに応えてきて、こういった活動により、日本でも国民が、様々なホメオパシーのレメディーや製品を容易に入手できるようになった。また、ホメオパシーの普及に合わせ、個人輸入も含め、多くのルートでホメオパシー関連製品（レメディーや化粧品）が日本に入ってくるようになった。ホメオパシージャパンの他にも、精油、アロマテラピーなどを扱う英国のニルズヤード社でもホメオパシー製品を扱っている。また、シュタイナー関連では、その思想の中に、ホメオパシーも取り入れていることから、シュタイナー教育に関わる家族でホメオパシーを取り入れている方も多い。また、在日外国人で欧州、インド出身の方などで、ホメオパシーを使われる方が日本でも多くおられます。またホメオパシー理論を応用したエネルギー医学の分野に属する商品、例えば、クォンタム・ゼイロイドSCIOなどの測定機を使用するホメオパスも多く、講習会も開催されている。また、欧州からのホメオパシー理論を応用した技術の農業分野などへの応用も、一部で始まっている。
２０００年当時、本来商標が成立しないはずの国際的には一般名称に分類される「ホメオパシー」については、化粧品の分類では大手化粧品メーカーが、「レメディー」というこれも国際的には一般名称である言葉に対して、健康食品目メーカーが、商標権を取得していて、このままでは日本で「ホメオパシー」という誰にでも使えるはずの一般名称の使用が商標権による制限されることになるため、広く国民が自由に「ホメオパシー」という名称が使えるようにということを宣言して、食品や書籍、教育などの分野で「ホメオパシー」を商標登録、以降、他の人が「ホメオパシー」の名称を使用に関しても、一切使用を制限しなかったため、日本では「ホメオパシー」という名称を万人が使うようになり、ホメオパシーという名称はようやく日本でも一般名称の仲間入りすることができた。