神戸海上保安部の海上保安官が関与を認めたことを受け、政府は10日、鈴木久泰海上保安庁長官の監督責任は免れないとして、更迭する方針を固めた。仙谷由人官房長官は同日の記者会見で「強制力を持った執行部門は、それなりの強い権限がある代わりに、強く重い責任を負う」と述べ、長官の更迭が不可避との認識を示した。民主党幹部も同日、「鈴木長官の責任は免れない」と述べた。
ただ仙谷氏は、馬淵澄夫国土交通相に関しては「政治職と執行職のトップの責任のあり方は違う」と、責任を問わない意向を表明した。