衝突事件をテーマにした衆院予算委員会集中審議を翌日に控えた９月２９日午後。政府関係者によると、首相菅直人は答弁準備のため官邸執務室に秘書官らを招集。政府対応をまとめた答弁書に目を通すや、いきなり怒鳴り声を上げた。船長逮捕は同８日午前２時３分。菅への報告は、夜が明けた「午前８時」と明記されていた。
　「何だ、これは。おれが逮捕後６時間も知らなかったということでは、『総理は何をしていたのか』と言われるに決まっているだろっ」
　野党の追及を懸念した菅は続けた。おれのところには、いろいろな報告が来るから、誰が何を言ってきたかいちいち覚えていないが、おまえたちのうちの誰かが『そろそろ逮捕します』と言ってきたはずだ。なあ、そうだろう？」
　うつむき加減でひと言も発しない官邸スタッフの面々。結局、答弁資料は「修正」され、誰が伝えたのか不明確なまま「８日午前０時ごろ、総理に逮捕方針を報告」との一文が付け加えられた、という。
（京都新聞10月11日朝刊1面)