一方、民間の種牛の問題をめぐっては、児湯地区の畜産団体などが、法律に基づいた処分を県に求めました。

民間種牛の処分を求めたのは、ＪＡ尾鈴畜産組織連絡協議会やＪＡ尾鈴養豚部会など児湯地区の７つの畜産団体です。
要望書を提出した団体の代表は、「ワクチン接種を拒否している種牛の農家は他の場所で種牛以外の牛も飼育していて、口蹄疫の疑似患畜が発生している。
関連農場として種牛６頭を処分すべき」と指摘しています。
一方、県は、農場の管理形態が異なるため関連農場ではないと判断していて、日向市や西都市など県内９つの市からなる県市長会は、種牛を存続させるべきとの意見で一致してます。