なぜ民間の種牛（種雄牛）6頭を殺処分するのでしょうか？

まず最初の理由として、口蹄疫の防疫措置は、まだ終わっていない、ということがあげられます。
民間の種雄牛6頭は、口蹄疫の発生に伴って宮崎県が設定した児湯地域の移動制限区域内にいます。この移動制限区域内の牛・豚等については感染するおそれがあり、予防的に殺処分（殺処分を前提としたワクチン接種）することを、宮崎県と農林水産省との間で協議をして決めました。この防疫措置により、ウイルスの拡散を防ぎ、他の地域や他県への口蹄疫の拡がりを防ぐことができると、国と県の双方が認識したためです。
同区域内では、口蹄疫にかかった家畜・かかった疑いのある家畜及びワクチン接種した家畜について、殺処分をすすめてきました。現在（7月14日）、この種雄牛6頭の周辺地域の家畜は、すべていなくなっています。しかし、まだ口蹄疫のウイルスを含む可能性のある糞尿が大量に残されているため、新たな発生につながるおそれもあります。同区域内の清浄性を確認して、移動制限の解除をするためには、この種雄牛を含むすべての家畜を殺処分する必要があります。
次に、この防疫措置は、口蹄疫対策特別措置法第6条に基づき、家畜の予防的殺処分を行う地域として指定することについて、宮崎県知事から申請があったものです。申請を受けた農林水産大臣は、口蹄疫のまん延防止のため、同地域において予防的殺処分を行うことが必要と判断し、これを指定しました。知事は予防的殺処分の勧告をされ、この勧告を受けて、当該地域の畜産農家の方々がこれに協力してくださいました。
豚、牛を飼育されていた農家の方々は、大切な家畜たちを、つらい気持ちを抑えて処分することに同意されました。また、地元の関係者の方々、全国から派遣された獣医師や技術者の方々、自衛隊の方々は、家畜の命を奪う悲しみ、暑さや疲労に耐えながら、殺処分や埋却、消毒作業を懸命に実施しました。発生地域の畜産の復興のため、一丸となって予防的殺処分による口蹄疫の撲滅に取り組んできたのです。
このような経緯があることをご理解いただき、民間の種雄牛の殺処分について、皆様にご了解いただきたいと考えています。