ハワイ攻撃には、空母機動部隊のほか、大型潜水艦５隻からなる特別攻撃隊も参加していた。潜水艦はそれぞれ２人乗りの特殊潜航艇１隻を搭載。特殊潜航艇には魚雷２基が備えられ、母艦となる大型潜水艦にオアフ島近くまで運ばれてから発進し、真珠湾に忍び込んで停泊中の米艦艇に肉薄攻撃を敢行することになっていた。
　計画では攻撃終了後、米軍の混乱に紛れて脱出、母艦との会合点で搭乗員だけを回収するはずだったが、５隻はいずれも帰還しなかった。ただ、少なくとも２隻が湾内への侵入に成功したことは間違いないとされる。
　５隻はさしたる戦果を上げなかったとされていたが、１９９９年に発表された研究では、当時の写真や米艦艇が受けた被害を詳細に分析すると、戦艦２隻を撃沈した可能性があることが分かった。なお、特殊潜航艇５隻のうち１隻は損傷を受けて座礁、搭乗員１人が捕虜となり、戦後に帰還を果たしている。