首相は17日昼に赤松広隆農林水産相らと会談。その後、出席者の一人は記者団に、口蹄疫の対策費として「予備費から1千億円使っていいということだった」と紹介したが、平野官房長官は同日夕の記者会見で「まったく承知していない」と否定。首相は同日夕、記者団に「額はこれからだが、迅速性が求められているときには、予備費を使用することが正しい判断ではないか」と述べた。
政府は口蹄疫が確認された4月20日、赤松農水相を本部長とする対策本部を同省内に設置したが、首相の指示に基づき、首相自身をトップに据え、全閣僚が参加する対策本部に格上げすることにした。副本部長には赤松農水相と平野官房長官が就いた。
現地対策本部は山田正彦農水副大臣を本部長とし、小川勝也首相補佐官(農業政策担当)のほか農水省、防衛省、総務省、財務省など関係省庁の実務者ら19人を常駐させる。
平野官房長官は16日に宮崎県庁で東国原英夫知事と会談した際、要望を首相に伝えると約束していた。