| 順位 | チーム | 勝点 | 試合 | 勝数 | 分数 | 負数 | 得点 | 失点 | 点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 横浜FC | 9 | 3 | 3 | 0 | 0 | 6 | 0 | 6 |
| 2 | 徳島ヴォルティス | 9 | 3 | 3 | 0 | 0 | 7 | 2 | 5 |
| 3 | 柏レイソル | 7 | 3 | 2 | 1 | 0 | 3 | 1 | 2 |
| 4 | アビスパ福岡 | 6 | 3 | 2 | 0 | 1 | 6 | 2 | 4 |
| 5 | 大分トリニータ | 6 | 3 | 2 | 0 | 1 | 7 | 4 | 3 |
| 6 | 水戸ホーリーホック | 5 | 3 | 1 | 2 | 0 | 3 | 2 | 1 |
| 6 | ロアッソ熊本 | 5 | 3 | 1 | 2 | 0 | 3 | 2 | 1 |
| 8 | ジェフユナイテッド千葉 | 4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 4 | 4 | 0 |
| 9 | ファジアーノ岡山 | 4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| 9 | 愛媛FC | 4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| 11 | ヴァンフォーレ甲府 | 4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 3 | 4 | -1 |
| 12 | コンサドーレ札幌 | 4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 2 | 4 | -2 |
| 13 | FC岐阜 | 3 | 3 | 1 | 0 | 2 | 3 | 5 | -2 |
| 14 | ギラヴァンツ北九州 | 3 | 3 | 1 | 0 | 2 | 2 | 5 | -3 |
| 15 | サガン鳥栖 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 3 | -2 |
| 15 | 栃木SC | 1 | 3 | 0 | 1 | 2 | 1 | 3 | -2 |
| 17 | 東京ヴェルディ | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | 3 | -2 |
| 18 | カターレ富山 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 2 | 5 | -3 |
| 19 | ザスパ草津 | 0 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 5 | -5 |
リーグ戦の順位決定は勝ち点制で、勝ち:3点、引き分け:1点、負け:0点。
勝ち点が同数の場合は(1)全試合を通じて得失点差が多いチーム(2)全試合を通じて総得点が多いチーム(3)当該チームの対戦による、イ)勝ち点、ロ)得失点差、ハ)総得点が多いチーム(4)反則ポイント(5)抽選の順で順位を決める。
1〜3位チームはJ1へ自動昇格する。