監督：ムトウユージ
主題歌：GO WAY!!
公開日：2006年4月15日
上映時間:96分
興行収入:14.0億円
概要：
「周りの人間が信じられなくなる」という暗いテーマをホラー映画風に盛り込んである。アニメではなじみの深いキャラ（風間ママ、ミッチーなど）の顔が大きく変形したり、園長先生の首が直角に曲がったり、みさえが奇声を発しながら『エクャVスト』さながらのスパイダーウォークで階段を上る過激描写（これらの行動をとるのは全て偽者）、また、背景が突然真っ赤に染まったり、肉を切る、人を殴打する効果音、突然女性のリアルな叫び声が大音量で流れるなどのサスペンス描写が続くが、終盤はギャグで締められる。広範囲にわたって展開されている例年の劇場版作品と比べ、本作の舞台はしんのすけたちが住んでいる春日部のみである。
僧侶になり、アニメ業界からしばらく離れていたもとひら了が脚本を手がけた。なお、もとひらが『クレヨンしんちゃん』の映画の脚本を手がけるのは、第1作目の『アクション仮面vsハイグレ魔王』以来13年ぶりのことである。
あらすじ：
よしなが先生、まつざか先生、上尾先生の三人は居酒屋で話をしていた。まつざか先生は幼稚園のお遊戯会の出し物としてサンバを踊ろうと提案するが、他の二人は難色を示す。やがて三人は解散してそれぞれの家路に着いたが、人気のない夜道を一人歩いていたよしなが先生は途中で何者かにつけられていると感じ走り出す。そして踏切を渡ったところで、自分そっくりの人間に襲われてしまう。
ある朝、しんのすけはいつものように幼稚園のお迎えバスを待たせていた。すると、バスからやけにノリの良いよしなが先生が。しんのすけは不思議に思いながらもバスに乗り、幼稚園に向かう。幼稚園の休み時間、マサオは「あいちゃんの様子がおかしい」と語る。確かにあいは、いつもは無関心なはずのマサオに対しやけに優しかった。マサオが「本物そっくりだけど、本物じゃない」と力説すると、ボーちゃんは「そっくりなニセモノが出没し、本物の人間はいつのまにか姿を消してしまう」という“カスカベ都市伝説”を雄弁に語り、一同を怖がらせた。
数日後、野原一家は大型スーパーマーケットに出かける。迷子になったしんのすけは、みさえとひまわりが2組いるという奇妙な光景に遭遇する。しんのすけはもう一人のみさえにお菓子をたくさん買ってあげると言われ捕まりそうになるが、「ツンデレ」と書かれたジャージを着た女性に助けられる。しんのすけが本物のひろしとみさえの元に戻ると、二人も「もう一人の自分に見られているような気がする」と思い始めていた。
そしてその気のせいはついに現実のものとなる。幼稚園で前々から様子のおかしかったよしなが先生と園長先生が、お遊戯会の出し物でサンバを踊ろうと言いだし、曲が流れた途端に踊り出した。どうやらこれはニセモノの習性らしく、あいちゃんや他の園児達も踊っている。危険を察知したまつざか先生、上尾先生、かすかべ防衛隊は幼稚園から逃げ出そうとするが、上尾先生はニセモノの黒磯の誘惑に負けて捕まってしまい、まつざか先生は自分を犠牲にしてしんのすけたちを逃がす。ひろしも会社で川口がニセモノであることを知り、帰宅時、ニセモノの川口に捕らえられそうになる。必死の思いで逃げ出したが、家に着くともう一人のひろしがしんのすけと入浴していた。二人のひろしはどちらが本物か証明するために戦いを繰り広げ、最終的に股間の痛さの感じ方で決着がつきニセモノであることを知られたニセモノのひろしは逃げ出す。一安心するひろしだったが、突然シロがしんのすけを睨みつけ、目の前で「チンチンカイカイ」をしてみせる。だがいつもと違ってしんのすけはそれに反応しない。何と家にいたしんのすけはニセモノだったのだ。ニセモノのしんのすけは正体を見破られるとそのまま家を飛び出してしまう。
その頃、本物のしんのすけとかすかべ防衛隊のメンバーは公園に集まっていたが、現状を断固として信じない風間は帰宅。他の隊員も、親たちの様子がおかしければ公園に戻ってくると約束して解散する。そして、風間は自宅でニセモノのママに捕まってしまう。
野原家はニセモノの川口に再び見つかり、家に篭城しようと決意するも、ニセモノのひろしに阻止されてしまう。敵に囲まれて絶体絶命になったそのとき、1台の車が野原宅に突っ込んでくる。車には本物のしんのすけと、以前しんのすけを助けたジャージの女性が乗っていた。女性は SRI（Sambano Rhythm Iine：「サンバのリズムいいネェ〜」の略）という組織の特捜員で、名前を「ジャクリーン・フィーニー」･通称「ジャッキー」という。ひろしたちは車に乗り込み、公園でニセモノの風間君と彼が連れてきた謎の人物達に捕まりそうになっていたネネ、マサオ、ボーちゃんを間一髪で助け出した。
しかしその後、ジャッキーの分析で野原一家とネネ･マサオ･ボーちゃんを除く春日部の住人は既に全員ニセモノに成り代わられていたことが判明する。更にニセモノたちは虎視眈々としんのすけやジャッキーが乗ったSRIの車を狙っていた。そこで一同は春日部を脱出して隣町に逃げ込もうと考えかすかべ山の山道を通って脱出を図るが、その途中でヨシリンやミッチーたちのニセモノに襲われ、ついに捕まってしまう。近くの小屋に連行されたしんのすけ達は、その中がコンニャク工場であり、ここで生産されているコンニャクこそがニセモノの正体だったことを知る。ニセモノの正体はバイオテクノロジーの権威アミーゴスズキが作り出した「コンニャクローン」という技術によって生み出されたコンニャクを素材とするクローン人間で、この工場で大量のニセモノが生産され、行方不明になっていた本物の人々はアミーゴスズキが放ったコンニャクローン達に捕まっていたのだった。
果たして、アミーゴスズキがニセモノを作り出す目的とは、ニセモノがサンバを踊る理由とは何なのか。そしてアミーゴスズキとは一体何者なのか。