ナチスドイツの保養施設から、ヒットラーの遺産ともいうべき財宝が発見された。そのなかに、何故か日本の国宝級の文化財である「地獄如来像」の姿があった。それはルパンが狙うお宝、「風神」を手にいれるための重要な手がかりとなる仏像だ。そこで、仏像をいただきにドイツに現れるルパン。ルパンは、事前に銭形警部に「地獄如来像はオレさまがいただくぜ〜〜っ！」という予告状を出していたため、銭形は仏像輸送の警備を自ら担当し、今度こそルパンを捕まえようと意気込んでいた。
ところが、次元、五エ門、ルパンの息のあったコンビネーションに惑わされ、まんまと裏をかかれた銭形はルパンに仏像を盗られてしまう。銭形は果敢にも一人でルパンを追跡し、執念でその腕に手錠をかけた……と思ったその瞬間、不気味な突風と共に戦闘ヘリが二人に迫って来た。操縦席には、謎の忍者強盗集団を組織するモルガーナの姿が。モルガーナの姿を目にルパンは慌てて銃を抜こうとしたためその手から仏像がすべり落ち、モルガーナの手に渡ってしまった。モルガーナはヘリから容赦なくルパンと銭形を攻撃し、銭形警部がモルガーナの発射した爆弾の犠牲になってしまう。そう、銭形は爆風とともにこの世から消えてしまったのだ。
ルパンは亡き銭形のためにもモルガーナが狙う「風神」の秘密に迫ろうとする。ところが、「風神」を狙っている人物はほかにもいた。女忍者・飛鳥が忍犬の虎太郎とともにモルガーナからのお宝奪取の機会を狙っていたのだ。そして、彼らの影に隠れてもう一人、お宝をゲットしようと企んでいる人物がいた。そう、峰不二子もお宝の匂いを嗅ぎつけていたのだ。こうして、ついに壮絶なお宝争奪戦の火ぶたが切って落とされた−−。
一体「風神」にはどんな秘密が隠されているのか？ 本当にルパンにとってこれが最後の仕事となるのか？
待ちうける衝撃の展開とはいったい……。