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2217年、未曾有の危機に地球は直面する。
史上初めて観測された移動性のブラックホールが太陽系に接近、地球が飲み込まれることが確実となった。巨大ブラックホールから人類が助かる方法は、ただ一つ。地球を離れ他星へ移住するために、地球から2万7千光年の彼方にあるサイマル星系へ大規模な移民が極秘裏に計画される。
西暦2220年。地球消滅まで、あと3か月しか残されていなかった……。
科学連邦宇宙局指揮の下、3億人を乗せた第1次移民船団が出発するが、突如、謎の艦隊による襲撃を受け、消息を絶つ。第1次移民船団の責任者は、古代雪……。混乱の中、出発していた第2次移民船団からも連絡が途絶える。
この緊急事態に宇宙科学局本部長・真田は、伝説の男であり且つ雪の夫である古代進を呼び宇宙戦艦ヤマト艦長に任命、第3次移民船団の責任者とする。17年前、宇宙戦艦ヤマトは回遊惑星アクエリアスによる水没の危機に瀕した地球を救うために自爆したが、前途多難が予想される人類の移民計画と同時に、ヤマト再建計画が進められていたのだ。
最新の技術によりボディは強化。イスカンダルから受け継いだ波動エンジンは、いまだ健在。増設された6本の炉心により、大幅なパワーアップに成功。必殺の波動砲は6連射が可能となっていた。
古代進は、人類を救うため、そして妻・雪が生きていることを信じて、ヤマトに乗り込む。宇宙戦艦ヤマトは、幾多の戦場を戦い抜いた仲間と、新たな戦士たちとともに復活する。
目的地は、地球から距離2万7千光年先にあるサイラム恒星系の惑星アマールの衛星。ヤマト移民船団は地球より1万7千光年、第1次・第2次の移民船団が相次いで襲撃されたポイントに到達する……。
襲撃を警戒するヤマトは、謎の艦隊が仕掛けたレーダー網を避けるため、近くに存在するブラックホールのエネルギーを利用して船団規模の危険なロングワープを敢行する。移民船団のワープが次々と成功する中、謎の艦隊が出現する。船体の特徴や機影が全く違うそれら艦隊は複数の惑星により構成された異星人連合軍であった！
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