旅を続けるサトシたちは、とある草原で傷ついたポケモンを見つける。近づいてみるとそれはロケット団のニャース！傷の手当てをしつつ話を聞いてみると、町はずれの巨大な建物『タタラ製鉄所』と呼ばれる場所で、ギンガ団にやられたのだという！しかもそこではムサシ、コジロウと一緒に国際警察のハンサムも捕らわれているらしい！この一大事に、サトシたちはニャースと共にタタラ製鉄所に乗り込むことを決意する！トバリシティの隕石強奪、ズイの遺跡調査、カンナギタウン襲撃、そして、シンオウ時空伝説のカギを握るテンガン山。全ての点が、線となり、ついにギンガ団がクライマックスに向け動き出す！果たしてサトシたちはその大いなる野望を打ち砕くことが出来るのか！？