ナギサシティへ向け、旅を続けるサトシたち。そして、その横をいつものように並んで歩くピカチュウとポッチャマ。すると突然、ピカチュウ・ポッチャマに異変が！互いに目はハートになり、抱き合ったまま離れなくなってしまったのだ！サトシとヒカリがいくら頑張っても離れない二匹。この異常事態を解決すべく、一行はポケモンセンターへ。だが、ポケモンセンター内で目にしたのは、同じく目がハート状態になったポケモンと、困り果てたトレーナーたちの姿！原因不明の状況に、ジョーイさんもお手上げ。しかし、このポケモンたちの様子を見ていたタケシが、ある共通点に気付く！不可解なこの状況、一体どうしてこうなっちゃったの！？