タワータイクーン！その男、クロツグ!!
フタバ祭りメインイベントの大バトル大会にエントリーしたサトシたち。なんと優勝者は、シンオウ地方最強のフロンティアブレーン・クロツグと戦うことができるというのだ！
激しいバトルがくり広げられたこの大会を制したのは、勝負強さを発揮したサトシ。サトシは勢いそのままに、最強の男クロツグに挑む！
この戦いは絶対見逃せない!!
マサラタウンから、再び冒険の旅に出たサトシとピカチュウとエイパム。新たな冒険の舞台「シンオウ地方」に着くやいなや、サトシはピカチュウをロケット団に奪われてしまう。ロケット団に追われるサトシのピカチュウを保護したのは新人トレーナーのヒカリだった。ニビシティから来たタケシとも偶然出会い、サトシ、ヒカリ、タケシの旅が始まった。
ネイティ、ネイティオ…不思議な森！
サトシは、フタバ祭りのために帰って来ていたジュンと、激しいバトルをくり広げていた。
そのとき、ジュンが空を飛ぶネイティオを発見！見つけるやいなや、すごい勢いで追いかけるジュン。何やら、そのネイティオには秘密があるらしい。
たどり着いた先にあったのは、なんとサーカスのテント!? そこには、ポケモンたちの驚くべき姿が……！
オーキド博士を救出せよ！ニョロトノVSグレッグル!!
フタバ祭りの今日の目玉はオーキド博士のポケモン講座だが、約束の時間になっても博士が姿を現さない。心配したサトシたちが目にしたのは、ニョロトノに連れ去られる博士の姿！
一方、オーキド博士になりすましていたロケット団のコジロウは、本物と思われ、舞台に上げられてしまう！
ハプニングの連続で、いったいどうなるの!?
- タワータイクーン！その男、クロツグ!!
- ネイティ、ネイティオ…不思議な森！
- オーキド博士を救出せよ！ニョロトノVSグレッグル!!
- ヒカリVSママ！親子対決!!
- マリル・ポッチャマ・エレキッド!!
- テンガン山の遺跡！ギンガ団の陰謀!!
- 全員参戦！ポケモンハッスル!!
- 森の王者！モジャンボ!!
- ユクシーの影！
- フルバトル！シンジVSサトシ!!－後編－
- フルバトル！シンジVSサトシ!!－前編－
- デンリュウ列車！ハンサム登場!!
- 復活のレジギガス！J再び!!
- バトルピラミッド！シンジVSジンダイ!!
- キッサキジム！氷のバトル!!
- トレーナーズスクールのスズナ先生！
- チェリンボ！けなげなバトル!?
- ポケモンピンポン大会！エテボースがんばる!!
- ポケモンコンテスト・タツナミ大会!!
- 進化！その時ポッチャマは！？
- さびしがりやのユキカブリ！
- 激突！マンムーＶＳボスゴドラ!!
- ポケリンガ！天空大決戦!!
- ロケット団解散!?
- 吹雪の中のユキメノコ！
- ワイルドジュンサーと相棒ペラップ！
- ポケモンコンテスト！アケビ大会!!
- いたずらフィオネ！
- ピカチュウ・ポッチャマ漂流記！
- 鋼鉄島の遺跡！
- ゲンとルカリオ！
- 迷子のホエルコ！
- ミオジム戦！ はがねのバトル!!
- ラムパルドVSトリデプス!!
- ポケモンと仲良くなる方法!?
- 羊羹（ようかん）とロトム！
- クレセリアVSダークライ！
- 混戦混乱ミオシティ！
- ヨスガジム戦！VSメリッサ!!
- ライバルトレーナー・ジュン登場!!
- ナエトル、ハヤシガメ…そしてドダイトス！
- 四天王のリョウ！出会いと別れの森！
- 浮かぶ未確認怪物!?
- ギンガ団襲撃!!-後編-
- ギンガ団襲撃!!-前編-
- ポケモンコンテスト！カンナギ大会!!
- パチリスお熱です！2人でお留守番!?
- 踊るジムリーダー！メリッサ登場!!
- 原点回帰だロケット団!?
- 最後の大勝負！ポケモントライアスロン!!
- 放課後はゴーストタイム!?
- 研究発表『湖の伝説』！
- ポケモンサマースクール開講!!
- コダックの通せんぼ！
- ヨスガコレクション！ポケモンスタイリストへの道!!
- グライガー！友情の翼!!
- ウラヤマさんちの大食いウリムー！
- ノモセジム！VS（ブイエス）マキシマム仮面!!
- ノモセ大湿原のグレッグル祭り!?
- 灼熱のヒコザル！
- ヤンヤンマ！ゲット作戦!!
- 決戦！ヒカリ対ハルカ!!
- 激闘！それぞれのバトル!!
- みんなライバル！ミクリカップ!!
- レストラン七つ星！タッグバトルでフルコース!!
- コンテストマスター・ミクリ登場!!
- ピカチュウ！ライチュウ！進化への道!!
- さよならドクケイル！
- ポケモンレンジャー！波導のリオル!!
- シャンとしてリーシャン！
- ステキファッション！その名はギンガ団!!
- トバリジム！ルカリオ対ブイゼル!!
- ヒカリはじめてのジムバトル!!
- ルカリオ！怒りのはどうだん!!
- パチリスはカバルドンの口の中!?
- グライオンとグライガー！風の迷路をぬけて!!
- ウリムートリオと湯けむりバトル!!
- メイドカフェのミルタンク！
- ポケモンコンテスト！ズイ大会!!
- ズイの遺跡のアンノーン！
- レントラーの瞳！
- ダイノーズ！熱き魂!!
- ビーダルは知っていた！
- ミカルゲの要石！
- エイパムとブイゼル！それぞれの道!!
- ナタネとサボネア！さよならは誰のため！
- ヒコザルの涙！
- タッグバトル！ファイナル!!
- ヒコザルVSザングース！運命のバトル!!
- 全員参加！タッグバトル!!
- ポケモンコンテスト！ヨスガ大会!!
- ミルとケーシィと水の底！
- 迷路でシャッフル！みんなでハッスル!!
- ハンターJ再び！タテトプスを守れ!!
- 迷子のヒポポタスを助けろ！
- ムウマージ！悪夢からの脱出!!
- ラクライ訓練センター！
- ヒカリとノゾミとダブルパフォーマンス！
- チャンピオン・シロナ登場
- ピカチュウのおるすばん！
- 爆誕！サイクリングロード!!
- ハクタイジム！VSナタネ!!
- シンオウ時空伝説！
- 四天王ゴヨウとドータクン！
- ブイゼル！ 最強への道!!
- スキです！ ポケモンなりきり大会!!
- 琥珀の城のビークイン！
- ナエトル対ナエトル！ スピード対決!!
- ハクタイの森！ ミノムッチ進化作戦!!
- サトシとヒカリ！ タッグバトルで大丈夫!?
- フワンテと北風の使い！
- 決戦！ ポッチャマVSポッタイシ!!
- ポケモンコンテスト！ ソノオ大会!!
- 怪傑ロズレイドと花伝説！
- 対決！ サトシ対ピカチュウ!?
- 爆走ハガネール！ ビッパの村を守れ!!
- 「パチリスVSエイパム！ コンテストバトル!!」ほか
- 最強のコイキングと最も美しいヒンバス！
- ポケモンハンターＪ！
- パチリスゲットで……大丈夫!?
- クロガネジムふたたび！ 決戦ラムパルド!!
- 古代ポケモン大進撃！
- ズガイドスVSピカチュウ！
- クロガネジム！ ヒョウタVSシンジ!!
- タケシにおまかせ！
- ムックルがんばる！
- コンテストバトル！ ライバル対決!!
- ヒカリ！ コンテストデビュー!!
- ポケッチ入手困難!?
- ミミロルとあそぼう!?
- なぞのジムのグレッグル！
- ポッチャマがんばる!!
- 迷いの森！ シンジふたたび!!
- ナエトル、ゲットだぜ！
- ポッチャマ対スボミー！ ヒカリ初バトル!!
- ライバルバトル！ 三対三!!
- ピカチュウを探せ！ 202番道路！
- 旅立ち！ フタバタウンからマサゴタウンへ！