第39節の9試合が9月12日(土)、13日(日)に行われ、岡山に3−1と勝ったCC大阪が、福岡に0−2と敗れた仙台を抜いて首位の座に返り咲いた。湘南は横浜FCに1−0、甲府は札幌に2−1と共に勝利。水戸は栃木に0−2と敗れ、鳥栖も熊本に1−2の黒星。東京Vは草津に2−1の逆転勝ち。徳島は愛媛を1−0と下し、岐阜は富山に2−0の勝利を収めた。
レヴィー クルピ監督が「選手たちの勝利とタイトルにこだわる気持ちを、ひしひしと感じた試合」と振り返ったC大阪の勝ち星。前半こそ岡山の堅守を崩せなかったが、後半に入ると54分にMF香川が口火を切り、59分にMF黒木、63分にFW乾と9分間で3ゴールを挙げ、一気に勝利へ前進。勝点を78へ伸ばし、前節で失った首位の座を取り戻した。岡山はロスタイムにMF川原が一矢を報いたが、2連敗となった。前節、今季初めて首位に立った仙台は、7試合ぶりの黒星で勝点76は変わらず、2位へ後退した。この仙台を相手に「ほぼ完ぺきに対応できた」(篠田監督)という快勝を収めたのが福岡。2得点はいずれもMF久藤のけったボールから生まれ、39分にFW黒部が先制すると、68分にはMF田中がリードを広げた。3位の湘南は、横浜FCとの「神奈川ダービー」を制し、勝点を75へ伸ばした。相手のセットプレーやカウンターアタックに冷や汗をかく場面もあったが、89分にMF坂本が値千金の決勝点。反町監督は「辛抱強く、粘り強く戦った結果」と接戦を振り返った。
4位の甲府も湘南同様、3試合ぶりの勝利で勝点75と譲らない。9分にFWマラニョンがFKのボールを巧みに合わせて先制すると、前半終了直前の44分にこの日2点目を決める。札幌は後半開始間もない49分にMF藤田が1点を返したが、その後の反撃は実らず8試合ぶりの黒星を喫した。栃木は水戸との「北関東ダービー」をMFの河原、岡田の得点で制し、初の2連勝を飾った。5位の水戸は7試合ぶりの黒星で、甲府との勝点差が8へ開いた。「九州ダービー」は熊本が鳥栖を振り切った。1−1のスコアで迎えた84分、前節の草津戦でハットトリックを達成したFW山内が決勝点をマーク。鳥栖は連勝が3で止まり、水戸と同様、上位追撃には痛い敗戦となった。
東京Vは20分、草津のFW都倉に先制を許したが、68分、83分にいずれもFW平本が決めて逆転。2連勝で札幌を抜いて7位に浮上し、高木監督は「もう一度、しっかり立て直したい」と気を引き締めた。徳島は今季の「四国ダービー」を3戦3勝、無失点で締めくくった。貴重な得点は46分、MF六車が決めたもの。愛媛は後半のPK失敗が痛く、徳島戦は4連敗となった。岐阜は17分にMF嶋田、56分にFW西川が得点。その後の富山の反撃をかわし、10試合ぶりの無失点で「東海北陸ダービー」を制した。
第40節は9月19日(土)、20日(日)に行われる。