地球の動物園で獣医の見習いをする16歳。

西暦2220年、かつては宇宙戦艦ヤマトとともに数々の危機から地球を救った英雄・古代進は、平和になった地球での生活になじむことが出来ず、しがない宇宙貨物船の船長を務めていた。 ある時、難破している地球戦艦を発見、救助に向かう古代たちを謎の異星人が襲う。

かろうじて、異星人戦艦を撃滅するが、ただならぬ危機を感じ取り、古代は地球へ帰還する。

3年ぶりに帰ってきた地球で、ブラックホールによる史上最大の危機が地球に訪れていることを知る。 やむを得ず、地球を避難、人類移民計画が極秘裏に進められるが、第一次船団、および第二次船団が謎の異星人艦隊に襲われ行方不明となっていた。

第一次移民船団の責任者は古代雪。

地球連邦宇宙科学局長官である真田士郎は、移民計画と同時に、船団の護衛艦として宇宙戦艦ヤマトの再建を計画。 古代進を、復活した宇宙戦艦ヤマトの艦長に任命した。

古代進と雪の一人娘・美雪は、母をなおざりにして宇宙に出ていた父に反発、葛藤を抱きつつも、人類唯一の希望である宇宙戦艦ヤマトの艦長として、父を信じる。

妻、雪が生きていることを信じて、娘、美雪と人類の希望を背負い、今、古代のヤマトが発進する。