フタバ祭りをお手伝い中のサトシたち。町に並ぶ出店を眺めて歩いていると、そこにジュンが登場！ヒカリと同じくフタバタウン出身のジュンもお祭りのために帰ってきていたのだ。久々の再会ということもあって、サトシとジュンはバトルすることに！エンペルトとピカチュウが激しいバトルを繰り広げていると、突然ジュンが空を飛ぶ何かを発見！それは"せいれいポケモン"ネイティオ！見つけるやいなや、すごい勢いでネイティオを追いかけるジュン！なにやら、そのネイティオには秘密があるらしい。辿り着いた先にあったのは、なんとサーカスのテント！？そこには今までに見たこともないような、ポケモンたちの驚くべき姿が・・・！