チャクラの性質変化の基本種別は、 "火" "水" "土" "雷" "風" の5つに分けられ、 これを「五大性質変化」と呼ぶ。 時に「六大性質変化」と呼称される場合もあるが、 残りの一つが何に当たるのかはわかっていない。 ほとんどの者がそのどれかの性質に当てはまるチャクラを持っており、 例えばうちは一族は"火"の性質を持つ一族で、火遁の術を得意としている。 自分のチャクラがどの性質に属するかは、チャクラを流し込んだ特殊な感応紙の変化によって 知ることができる。性質変化は各人1つというわけではなく、 上忍クラスの忍のほとんどは2つ以上を扱うことが可能とされる。
　五大性質変化は、「水→火→風→雷→土→水」というように、 それぞれ優劣関係を持ちつながっており、 例えば"火"は、"風"に対しては優勢、"水"に対しては劣勢の立場にある。 火は風を受けるとさらに激しく燃え上がるため、 火遁の術に同等レベルの風遁の術をぶつければ、 さらに威力の増した火遁になって返ってくる。 しかし火は水を掛けられると消えてしまうため、術レベルが同等の場合、 火遁の相手に勝つには水遁しかないという道理になる。

Sランクの術を身に付ける上で、チャクラの"性質変化"と並んで不可欠とされるテクニックが、 このチャクラの"形態変化"である。 チャクラの形態を変化させることで、攻撃の威力と範囲を決定する。 例えば「千鳥」は、チャクラを電流のように"性質変化"し、 放電するように"形態変化"させている。 その意味で、チャクラを超スピードで乱回転させて圧縮する「螺旋丸」は、 "性質変化"を必要とせず、"形態変化"だけを極めた術であり、 「千鳥」とは趣きが異なる。

『NARUTO』の世界には、大小様々な国が存在し、 各国は軍事力の要たる「忍の里」を擁する。 そのうち、「雷」「水」「土」「風」「火」の五カ国の忍の里は特に強大であり、 これを有する国を、「忍び五大国」と称している。

　大名を頂点とする国が、自国の領土内に存在する里に対し庇護や経済援助などを行う一方で、 長を頂点とする里は、独立した行政を施行しながらも、所属する国の 軍事力を担う役割を負う。そうして両者の関係は対等に保たれている。
　忍び五大国に存在する「木ノ葉」「砂」「霧」「雲」「岩」の隠れ里は、 それぞれが数多の屈強な忍たちを擁し、「影」の名を冠する里長によって 統率されている。各隠れ里の頂点に立つ5人の忍は、 「五影」と総称され、崇め奉られる。

かつて隠れ里の大半が参加し、持てるすべての力を投入した、忍世界の大戦争。 多くの英雄や豪傑を生み、数々の高度な術が編み出された反面、 おびただしい数の犠牲者を出し、国力を大いに疲弊させた戦いでもあった。

　島国国家。隠れ里は存在せず、忍者はいない。 イナリの義父であり、町の英雄と称されたカイザが、 国の海上運搬を牛耳る闇の世界の帝王・ガトーに逆らった罪で処刑されて以後、 町の人々からは勇気と希望とが失われてしまう。 タズナの造る橋こそが、資源が少なく貧しい波の国に物流と交通をもたらし、 町に勇気と希望を取り戻す、まさに夢の掛け橋だった。
　完成した橋は、のちに「ナルト大橋」と名づけられる。

　どの国・里にも属さない廃墟。人気のないその地には、 忍専門に武器を供給する闇商人一族がひそかに店を営んでいる。 五大国でも屈指の忍具店で、入手困難な巻物までもが揃うため、 多くの大物が出入りするという。「うちは」は代々の上客である。 　空区には、頭目である老婆・猫バアを筆頭に、彼女との契約の下、 この地には複数の忍猫が暮らしている。 案内猫であるデンカとヒナの2匹は、 常時、猫バアへと通ずる回廊を徘徊し、訪れる者を尋問する。 2匹からの信用を得ることができなければ、猫バアと対面できないばかりか、 ズタズタにされて逃げ帰るほかないという。

「火の国に火ノ寺あり」と謳われる由緒正しい忍寺。 籍を置く僧侶は、皆、「仙族の才」と呼ばれる 特別な力を操ると言われている。 寺を統括する地陸は、かつて守護忍十二士を 務めたほどの実力者で、その強さは寺内で右に出る者がいない。 寺の山門には地陸によって特殊な封印が施されており、 その突破は容易ではない。

火の国の大名を警護する、 大名直轄の忍組織。 国内より広く、才に秀でた忍たちが集められ、任務に就く。 火の国の紋の入った腰布がその証。 現在十二士制度は廃止されているが、 上忍の猿飛アスマや火ノ寺の地陸など、 そのメンバーは名を知られた精鋭揃いで、 エリート忍者の登竜門とも言われていた。

　里中から選りすぐられた忍で構成される、木ノ葉隠れの里・火影直属の影の部隊。 正式名称は「暗殺戦術特殊部隊」。 拷問・暗殺など特殊かつ高度な任務を専門に行う。 常に白い仮面をつけて任務を遂行し、その素性や功績が明かされることは一切ない。
　暗部は木ノ葉だけでなく、他の里にもその存在が確認されており、 例えば霧隠れの「追い忍部隊」も、暗部の特殊部隊のうちの一つである。 卓越した暗殺技術と医療技術により手配者を完全に抹殺することから、 追い忍は、別名「死体処理班」とも呼ばれている。
　木ノ葉の里には、タカ派のダンゾウによって暗部の中に別動部隊として 組織された暗部養成部門「根」が存在する。 「根」に属する者には感情はなく、名前もなく、過去はなく、未来もない。 あるのはただひたすら任務のみ。 ヒルゼンの火影就任後、公式的には組織解体された「根」だが、 「木ノ葉という大木を目に見えぬ地の中より支える」という「根」の意志の下、 水面下にてその活動は密かに、そして確かに継続されている。

　木ノ葉隠れの里内の違法行為や犯罪を取り締まり、24時間体制で里の平和を預かり守る治安部隊。 組織は「暗部」などと同様に選りすぐりの精鋭たちで構成され、 その中核を成していたのが、「うちは一族」であった。 部隊を組織し設立したのがうちは一族の先代だったことから、 警務部隊のシンボルマークにはうちは一族の家紋が入れられている。
　里の創設期に二代目火影によって設立されたこの部隊は、 実際には木ノ葉への復讐を企てたうちはマダラのような反逆者を生み出さないよう、 うちは一族を里の政治から遠ざけ、なおかつひとまとめに監視下に置くために 便宜的に作られたものであり、 その本質は里の平和を守る治安部隊とは大きく異なるものであった。

　忍9名からなる謎の小組織。 メンバーには、「手配書（ビンゴ・ブック）」でS級犯罪者に 指定されているような輩ばかりが名を連ねる。 サスケの兄・うちはイタチもその一人。 大蛇丸も最近まで組織に属していた。 組織のメンバーは皆、漢字一文字が刻まれた指輪をはめている。 ペインは「零」、小南は「白」、イタチは「朱」、鬼鮫は「南」、ゼツは「玄」、 デイダラは「青」、サソリ（トビ）は「玉」、飛段は「三」、角都は「北」の字。 また、かつて大蛇丸は「空」の指輪を身につけていた。
　これまでは目立った動きを見せていなかったが、 大蛇丸脱退頃から2人組（ツーマンセル）で行動し始め、 術などの収集に乗り出す。ナルトの中の「九尾の妖狐」を含め、 9体の「尾獣」もターゲットとして狙われている。
　暁の目的は、3つの段階を踏むことで達成されることになる。 まず、第一段階では、尾獣などを確保するかたわらで莫大な資金を収集し、 第二段階として、その資金を元手に、忍世界初の「戦争請け負い組織」を設立する。
　現在の忍ビジネスにとって戦争は不可欠であり、 各忍里は国内外の戦いに参入することで莫大な利益を稼ぎ、 国を支えていると言っても過言ではない。 その一方で忍里の保有には、戦時と同じかそれと近いレベルで平時にも莫大なコストがかかるが、 かといって里を縮小しすぎれば突然の開戦に対応できない。 そこで、国というものに属せず、必要な時に必要なだけの忍を用意し、 必要な力を持ってあらゆる小国や小さな里から依頼として請け負う組織を作り、 戦争を一手に引き受け、戦争市場を牛耳る。 さらには尾獣を使い市場の大きさに合わせて戦争を引き起こし、 やがてはすべての戦争をコントロールし独占支配する。
　こうした流れに伴って大国の「忍里」というシステムも崩壊し、 皆が暁を利用せざるを得なくなる状況を生み出したのちに、 その先にある最終目的に辿り着く。 目的の第三段階、すなわち世界征服である。 集めた尾獣によって、その術一つを使用しただけで一瞬にして大国さえも 潰せるような最大最強の禁術兵器を開発し、 争いを続ける国々それぞれに譲り渡す。 互いが互いをいつでも瞬時にして消し去ることができるような慢性的な均衡状況を 作り出すことで、世界を恐怖心と痛みで支配し、 この世から争いをなくすことが最終的な目標であるという。
　つまり、尾獣の収集を含めた暁のあらゆる行動は、 力を持てば必ずそれを使うという人間の心理を逆手に取り、 力を与えることで（恐怖によって）争いをなくすという、 暁（ペイン）なりの平和主義であるというのが 彼らの考え方である。

　尾獣とは尾を持つ魔獣の総称であり、 世界各地に全部で9体存在する。 それぞれ尾の数が異なり、「一尾」（守鶴）は尾が1本、 「ニ尾」は尾が2本というように、それらが「九尾」まで、 その名の通り尾の数を表している。
　忍界大戦期には、莫大なチャクラの塊である尾獣を 各国・隠れ里が軍事利用しようと競い合ったが、 人知を超えた力を制御することは困難を極めた。 そこで、尾獣を人に封印することでその強すぎる力を抑え込み、 コントロールを可能にする方法が発案され、採用される。 尾獣を封印された者は「人柱力」と呼ばれ、 いつの時代も畏怖の対象として尊ばれると同時に忌み嫌われることとなる。 各国は人柱力を利用して、幾度も戦争を繰り返したのだった。
　人柱力は尾獣と共鳴し、信じられない潜在能力を使えることが特徴で、 砂隠れの里では、我愛羅を含め、これまで3人の人柱力が選出されている。 瞬間的にでも尾獣の力と釣り合うだけの効力を発揮する封印術と 数日にも渡る長大な時間を掛けることで、人柱力から尾獣を取り出すことは可能であるが、 尾獣を引き剥がされた人柱力は必ず死ぬとされている。

　16（13）年前に起こった、九尾の妖狐による木ノ葉襲撃事件。 最強のチャクラを持つと言われる九尾に対抗できる手段はなく、 当時の里長であった四代目火影は、自らの命と引き換えに、 生まれたばかりのナルトのへそに九尾を封印することで、 なんとか被害を最小限に食い止めることに成功した。 しかしながら、この事件で、四代目火影の他、 イルカの両親を含めた里の多くの人間の命が失われることとなった。
　四代目亡き後、再び火影の地位に就いた三代目火影は、 ナルトの体内に九尾の妖狐が封印されている事実を口外無用とし、 掟を破った者には厳罰を以ってあたってきた。 そのため、事件に関わった人間やそれに通ずる人間を除くほとんどの者（例えば下忍たち）は、 ナルトの正体を知らない。 当の本人であるナルト自身、ミズキから教えられるまでは、 自分の出生の秘密について知ることはなかった。
　ただ、事件当事者である大人たちの中には、九尾を憎むがゆえに 陰でナルトを蔑み、忌み嫌う者が少なからず存在することもまた事実である。 そしてそれゆえに、ナルトは、幼い頃から誰にも認めてもらえず、 皆に疎んじられながら育ったのだった。

　大蛇丸が認めた"邪"と"才"の持ち主に刻まれる呪いの印。 授印されると強烈な痛みが全身を襲い、 たいていの者はそれによって命を落としてしまう。 生存確率は10％とも言われる。 もともとは、殺人衝動が限界に達すると見た目も性格も殺人鬼へと変貌してしまう重吾の体液を元に 大蛇丸が開発した酵素である。
　呪印は、体内に練られたチャクラに反応し、対象者の体中のチャクラを際限なく引き出すとともに、 邪悪な精神を解放させようとする。「解放状態」を長くつづけていれば、 徐々に体を呪印が侵食していく。対象者は、呪印によって強大な力を与える代わりに、 大蛇丸に自由を束縛されることになる。大蛇丸の「転生術」にとっては、 非常に有用な手段であると思われる。
　同じ呪印にも様々な種類があり、それぞれ模様（紋様）や能力が異なる。 その中でも、サスケの持つ「天の呪印」と、それと同等の力を持つとされる、 君麻呂の持つ「地の呪印」とは特別であるらしいが、 詳しいことはわかっていない。 なお、模様からすると、みたらしアンコが与えられたのも天の呪印と推測されるが、 「捨て駒」にされた彼女の境遇を考えると、実験の一つとしての授印だったのかもしれない。
　また、呪印には共通していくつかの段階（状態1〜2）が存在し、レベルが増すごとに力・チャクラの消耗が 大きくなるとともに、「自分」を失っていく。 外見が異形化し、侵食スピードも急激に上がる「状態2」への覚醒は、 「醒心丸」という丸薬を服用することで可能となる。 「状態2」の力をコントロールするためには、その状態を長時間保ち体に慣らす必要があるが、 通常の場合、激しい副作用により、覚醒すれば数分と持たずに確実に死んでしまう。 そのため、醒心丸を服用する際には、結界忍術等で 対象者の副作用を抑え込み、いったん仮死状態にするなどの処置を要する。

唯一神である「ジャシン様」を奉り、殺戮を モットーとする過激派の新興宗教。 信者たちには厳しい戒律が課せられており、 「汝、隣人を殺戮せよ」という奇怪な教義は、 信者同士が殺し合うという矛盾を孕んだものとなっている。 信者の肉体を用いた儀式、すなわち禁術の実験が繰り返し行われており、 その初の成功例が、不死身の肉体を得た飛段である。