大盛況のフタバ祭りで、アヤコの手伝いに励むサトシたち。今日の目玉はオーキド博士のポケモン講座！だが、博士は約束の時間になってもなかなか姿を現さない。心配したサトシたちは近くの沼地まで迎えに行くことに。そこで目にしたのは、何者かに連れ去られる博士の姿！あれはニョロトノ！？一方その頃、フタバ祭りでバイトに勤しむロケット団は、オーキド博士になりすまし、グッズを売って大儲けしようと企んでいた。博士そっくりに変装したコジロウが、さあ商売開始！と意気込んでいたのだが、あまりに似ていたせいか本物のオーキド博士と勘違いされてしまい、なんと舞台の上にあげられてしまう！ハプニング連続の講演会！一体どうなるの！？