7月15・16日の放送は、よる7：00から劇場版ポケットモンスターDPの放送となります。
2009年7月15日放送
サトシたちは、ポケモンコンテストが開催されるアラモスタウンへと向かっていた。その道中、可憐な少女・アリスと出会う。アリスが吹く草笛の音色に癒される一行。そんな中、サトシたちの前に幻のポケモン・ダークライが突然現れた。同時に、アラモスタウンでは次々と異変が起こり始める。この異変はダークライの仕業なのか？
　神と呼ばれるポケモン、ディアルガとパルキア。決して出会ってはならない二体とダークライが遭遇したとき、時空をもゆるがす史上最大の戦いの幕が切って落される･･･。果たしてサトシたちは美しいアラモスタウンを守ることができるのか！？

2009年7月16日放送
ある場所を目指し歩き続けていた幻のポケモン・シェイミはディアルガがギラティナに襲われている場面に偶然遭遇する。自らが棲む特殊空間"反転世界"にディアルガを引きずり込もうとするギラティナだったが、２体の戦いに巻き込まれ反転世界に落ちてしまったシェイミは、そこで謎の黒い雲を吸い込んでしまう。次の瞬間、シェイミはシードフレアを発し、反転世界に穴を開け現実世界へ逃げ出すことに成功するが、ディアルガもギラティナから逃げることに成功する。その様子を巨大母艦・メガリバに乗るゼロが不気味な様子で監視をしていた。
そして難を逃れたシェイミが旅を続けるサトシたち一行の前に現れる。サトシたちはテレパシーを通じてシェイミが目指している場所が"グラシデアの花畑"であると知り、ともに旅をすることに。しかしその道中、突然出現した次元の渦によって、サトシたちも怒れるギラティナが棲む反転世界へと引きずり込まれてしまう。シェイミを追うギラティナ、そして謎の青年ゼロの目的が明らかになる。