こちらをご覧ください。

　 http://oshiete1.goo.ne.jp/qa1774929.html

回答2には「「窓の手」のようなアプリケーションで代替するのが普通です。」とあります。
また　「ただし、Windows2000用のmsconfigは以下で入手できます（英語版。日本語版はありません）。」として http://www2.whidbey.com/djdenham/Msconfig.htm​ が紹介されています。

【 修正 】

URLの間違い修正です。

http://www2.whidbey.com/djdenham/Msconfig.htm​ が紹介されています。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↓
http://www2.whidbey.com/djdenham/Msconfig.htm が紹介されています。

回答1＋回答2へ：
WindowsXPから抜き取ったmsconfig.exe、つまりライセンス的にまずいモノを
ダウンロード可能にしているサイトを紹介するという、そのコンプライアンス意識に
欠如した行為を、曲がりなりにもMicrosoft関係のサイトに書き込むその料簡に
あっけにとられてしまいますね。

とりあえず、Autorunsを紹介してみる。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/sysinternals/bb963902.aspx