シンジとジンダイのバトルを観戦したサトシたちのもとに、一台の車が。降りてきたのはキッサキ神殿を守る巫女。なにやら神殿が大変なことになっているのだという！急いで神殿に向かうジンダイとサトシたち。そこで目にしたのは、神殿を襲撃するポケモンハンターJの一団！狙いは、神殿に眠ると言われている伝説のレジギガス。もしJの手に渡ってしまったら大変なことになってしまう！しかし、時すでに遅し、眠りから強引に目覚めさせられたレジギガスは怒りに我を忘れ、暴走を始めてしまった！しかもレジギガスの向かう先にはキッサキシティが！果たしてサトシたちはこの危機を救えるのか！？