キッサキシティのポケモンセンターで夜を明かしたサトシたち。そこで、シンジとその兄・レイジに出会う。久々の再会に驚くサトシたちだったが、さらに思わぬ出会いが！なんと、カントー地方のフロンティアブレーンである、ピラミッドキング・ジンダイが現れたのだ！カントーでのバトルの話に花を咲かせるサトシたち。しかしサトシがジンダイに勝ったという話をした途端、シンジの顔色が一気に変わった。その様子はいつもの冷静なシンジからは想像できないほど険しい。そんなシンジが突然、ジンダイにバトルを挑んだ！果たしてシンジの内に秘めたる思いとは一体！？