コンビニでバイトをしています。22時にバイト開始して、0時に精算を行うのですが、...

birdbirdmenさん

民法709条で過失によって他人の利益を侵害した者は損害賠償をする責任があります。

（不法行為による損害賠償）
第709条　故意又は過失によって他人の権利又は法律上保護される利益を侵害した者は、これによって生じた損害を賠償する責任を負う。

また、労働基準法第16条では、使用者は、労働契約の不履行について違約金を定め、又は損害賠償を予定する契約をしてはならないことになってはいますが、使用者が、現実に生じた損害について賠償を請求することを禁止するものではありません（昭和22.9.13基発17号）。

（賠償予定の禁止）
第16条　使用者は、労働契約の不履行について違約金を定め、又は損害賠償額を予定する契約をしてはならない。

ここで問題になるのはあなたともう一人のバイトに過失が有るかどうかです。
レジの過不足が生じた事実をを22時以前の労働者の過失にしたければ、それを証明する必要があります。
あなた方が労働を始めた時点でもう一度現金の過不足調査を行えばよかったのです。
その店長を方法を禁止されていたのであれば、あなた方に過失は生じません。


ただ、あなた方に過失があったとしても全額は賠償する必要はありません。
①使用者が労働者に損害の発生する可能性のある労働をさせ利益を得ていながら、実際に発生した損害を全て労働者の負担に求めるのは不当であること
②使用者の指揮命令のもとに行われる労働において、損害の原因となる状況を労働者自身が除去・回避することは困難であること
③使用者は経営から生じる定形的危険について、保険制度等を通じて損失の分散を図ることができることです。
上記の理由に基づき、労働者が業務を遂行する中で発生した損害について、労働者にのみ責任を負わせることは公平を欠いていると考えられ、損害負担については労使双方に公平な分担を求める、すなわち労働者の責任が制限されるとされています。

最高裁で初めて労働者の責任の制限について見解を示した、茨城石炭商事事件（最高裁第一小法廷判決昭和51.7.8民集30巻７号689頁）では、使用者の「事業の性格、規模、施設の状況、被用者の業務の内容、労働条件、勤務態度、加害行為の態様、加害行為の予防若しくは損失の分散についての使用者の配慮の程度その他諸般の事情に照らし、損害の公平な分担という見地から信義則上相当と認められる限度」において、使用者は労働者に対し賠償を請求をすることができるとしています。

なので、相当と認められる範囲で、損害賠償の責を負うこととなります。

解決方法ですが「紛争調整委員会によるあっせん」をオススメします。
http://www.fukuoka.plb.go.jp/21trouble/sodan/sodan03.html