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| 1995（平成７年） |
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| １月 |
１月５日号から日航機御巣鷹山事故に材をとった山崎豊子「沈まぬ太陽」の連載を始める。連載終了まで『週刊新潮』は日本航空の機内に搭載されず。 |
| ４月 |
４月６日号は創刊2000号記念特大号。グラビア広告の特別企画「21世紀へのメッセージ―生き方の扉」64頁に31社が参加、遠藤周作、北杜夫ら31名の小説家がエッセイを寄せる。ワイド特集「戦後50年の『美徳の反乱』」を掲載。また、この号より表紙絵を変更。創刊号以来表紙を飾った故谷内六郎の絵をトリミングして使用。250頁、特別定価300円。 |
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| 1996（平成８年） |
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| ２月 |
２月22日号に特集「沈黙を破った北海道元婦人部幹部『私は池田大作にレイプされた』」を掲載。創価学会名誉会長のスキャンダルを、以後、継続的に報道する。
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| ７月16日 |
佐藤隆信が、新潮社取締役社長に就任。 |
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| 1997（平成９年） |
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| １月１日 |
齋藤十一が取締役相談役を退任、顧問に就任する。
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| ４月 |
４月３日号から表紙絵が替わる。故谷内六郎から、成瀬政博へ。
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| ７月２日 |
この日発売の『ＦＯＣＵＳ』７月９日号は、神戸市の小学生殺害事件で逮捕された中学３年のＡ少年の顔写真を掲載、大手書店やキヨスクなどが一斉に同誌の発売をとりやめる。また、翌日発売の『週刊新潮』についても販売中止が拡大する。
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| 1998（平成10年） |
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| ９月 |
９月17日号に独占手記「神戸少年事件淳君の父親一年目の慟哭の告白」を掲載。全国の読者から、反響が寄せられる。 |
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| 2001（平成13年） |
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| ８月１７日
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早川清が第５代編集長に就任。 |
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| 2002（平成14年） |
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| ２月 |
２月１４日号から８週にわたって、ジャーナリスト・加藤昭による特別レポート「鈴木宗男研究」を掲載。北方領土問題や外務省支配など数々のスキャンダルを追及し、国政をも動かすスクープとなる。 |
| ３月 |
３月28日号は、特集「宗男疑惑追及の急先鋒 辻元清美代議士の呆れた巨額『秘書給与詐取』疑惑」を掲載。この記事をきっかけに辻元議員は辞職。 |
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| 2003（平成15年） |
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| 10月 |
11月６日号から８週にわたって、ジャーナリスト・山田直樹による特集「新『創価学会』を斬る」を掲載。同シリーズは、この年の「編集者が選ぶ雑誌ジャーナリズム賞」大賞を受賞した。 |
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| ４月 |
４月22日号の特集「『人質報道』に隠された『本当の話』」中の見出しに問題がある、として、札幌市交通局が市営地下鉄全車両の中吊り広告の一部にシールで「目隠し」を施し、議論を呼ぶ。同号は完売。 |
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| 2005（平成17年） |
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| 10月 |
10月27日号の特集「史上最凶『リンチ殺人』で死刑判決なのに新聞が載せない元少年３人の『実名と顔写真』」で、元少年の実名と顔写真を掲載。 |
| 12月 |
12月末の発行部数約75万部、誌価300円。 |
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