少年・ラキと兄のザキが住む村で、妖魔による連続惨殺事件が発生。
妖魔が人間に化けられることから、村人たちは恐れおののいた。 村長は、唯一、人に化けた妖魔を判別して戦うことが出来るクレイモアに妖魔退治を依頼。 村人たちが集まる中、クレアというクレイモアが村にやって来た。

ラキを料理番にして妖魔退治の旅を続けるクレアの前に、組織の連絡係のルヴルが現われ、同じクレイモア・エレナの紋章が記された『黒の書』を手渡した。
これを見たクレアは、ラキを町の宿屋に残し、エレナがいるらしいシーレ山に向かった。首をかしげるラキに、ルヴルは、余りにも悲しいクレイモアの運命を明かした。

ルブルの指令でクレアが次に向かった街は、大聖堂を中心に発展した聖都・ラボナだった。この街に妖魔が出没し、多くの犠牲者が出ているという情報があったのだ。しかし、街には“妖し者”が入ることが許されなかったので、妖魔を見抜く力が失われるが、クレアは薬を飲んで妖力を抑えて入ることに。

大聖堂内での妖魔の猛攻に、クレアは防ぐことしかできない。騒ぎを聞きつけて大勢の兵士が到着したため、妖魔は姿を消したが、深手を負ったクレアは床に倒れこんでしまった。

クレイモアのテレサは、どんな妖魔を相手にしようとも妖力の解放をすることなく、微かに笑っているような表情で相手を倒すため、“微笑のテレサ”と呼ばれていた。クレイモア最強の女と噂されるこのテレサが、組織の連絡係・オルセから告げられた次の目的地は、テオの街だった。

クレアにとって、クレイモアと行動を共にするより、人として人の中で生きる方が良いに違いない、と考えたテレサはロクトの町でクレアを人間に預けるつもりだった。町に入って妖魔を退治し、クレアのために新しい服と靴を買い与え、町長と交渉して引き取って欲しいと頼み込んだ。

組織からテレサの討伐に選ばれたのは、ナンバー３のイレーネ、ナンバー４のノエル、ナンバー５のソフィア、一見ただの女の子にしか見えないナンバー２のプリシラの４人。テレサと同じように、どんな相手でも数が多くても妖力を解放せずに倒すことが出来るプリシラは、いずれはテレサを越えると噂されるクレイモアだった。

テレサは、イレーネ、ノエル、ソフィアに続いて妖力を解放したプリシラの４人のクレイモアの猛攻を受けながらも、妖力を解放せず有利に戦った。橋まで破壊する高速剣を操るイレーネを倒したテレサは、ノエルも吹き飛ばす。さらにソフィアを倒し、プリシラの元に近付いた。

テレサの血と肉を受け継いで、半人半妖ならぬ、クオーターのクレイモアになったクレア――。ラキを連れてトリロの町に入り４匹の妖魔を倒したそのクレアは、異常食欲者がいると聞いてやって来たミリアと２人のクレイモアと出会った。４人で異常食欲者を倒すと聞いていたミリアは、クレアの命令無視を批判しながら、その無謀な行動を笑う。

ミリア、ヘレン、デネヴ、そして、クレアの４人は、崖で待っていた覚醒者が男だと知り、愕然となった。白い息を吐きながら舌と爪を使い、圧倒的なパワーで攻撃してくる覚醒者に、デネヴは腕を噛み砕かれて崖から転落。叩き斬った腕がすぐに再生するのを見たミリアらは、この覚醒者が首を落とさなければ倒せない相手だと気付いた。

覚醒者の討伐に成功した４人のクレイモアは、クレアを除いて満身創痍だった。特にデネヴは、腕の再生に妖気を使い果たしたため腹部の再生が進まず、後は本人の気力次第という状態。ヘレンは、一番多くやられたクレアの傷が全てすぐに回復可能な場所ばかりだったと知り、首をひねった。

男の覚醒者と対戦した後、ミリアの話で組織への考えを変えたクレアは、ルヴルから、北の町・ゴナールにいるらしい覚醒者の討伐を命じられた。この覚醒者は、かつてランクが上位だったメンバーで、その実力は男の覚醒者よりはるかに上。クレアは、一緒にいたラキを残し、ひとりゴナールの町へと向かった。

ラキが心配そうに見守る中、火口原で始まったクレアとプリシラの決戦は、山場を迎えた。クレアは、両腕から次々と生える剣で、プリシラに高速剣の猛攻を加える。これに対し、衝撃波で、クレアにダメージを与えるプリシラ。ミリアたちは、自分たちの力ではどうしようもないと悟り、戦況を見守るばかりだった。

イレーネから高速剣を伝授されたクレアは、次第にその感覚が掴めるようになった。片腕のみの妖力完全解放が奥義の高速剣。イレーネは、クレアが高速剣を出し始めた途端、片腕の妖気に精神が影響を受けると指摘するが、一応合格点をつける。

ラキの手掛かりを探すために男に変装してハメルの町に入ったクレアは、町の中にクレイモアが４人も滞在していると知った。宿屋の主人の話によると、４人は強力な妖魔が潜むザゴルの山を目指しているとか。クレアは、４人との接触を避けるため、妖気を出来るだけ抑えた。

山の城跡に入ったクレアを待ち受けていたのは、強力な妖気を放つ巨大な岩のような覚醒者・ダフだった。攻撃の気配に気付いたクレアは、すぐさま渾身の力で斬りつけ、高速剣を見舞うが、固い装甲に阻まれてダメージを与えることが出来なかった。

ダフとの戦いをガラテアに任せたクレアが地下の拷問所に入った時、ジーンの肉体は苦しみの余り限界を越え、すでに覚醒していた。しかし、これを見たクレアは、ジーンがまだ人間の心を留めていると気付き、一か八かの賭けに出た。

ジーンのお陰で高速剣の制御法を体得したクレアが、ルヴルから新しい指令を受けた。任務をこなせば恩赦を与えるとルヴルに告げられたクレアは、ラキがその北の地に向かったらしいと聞き、すぐさま出発した。

クレアが属するフローラの隊は、ウンディーネの隊と合同で第１の覚醒者と戦うことになった。覚醒者は相手の妖力を自由にコントロール出来るため攻撃は思うように進まない。積極攻撃が裏目に出て触手に絡め取られたウンディーネを見たクレアは、デネヴと協力して救出に向かう。

イースレイから頼まれたこともあって、ラキは多くのクレイモアが集結しているというピエタの町を一緒に目指すことになった。ラキはその中にクレアがいると考えていた。「無力は罪」と言い切るイースレイに剣の太刀さばきを教えてもらったラキは、クレアに再会するまでに少しでも強くなりたかった。

ピエタの町に、銀眼の獅子王・リガルド率いる多数の覚醒者の侵攻が始まり、いよいよ決戦の火蓋が切られた。ミリア、クレアたちは、前哨戦と同じように５つの隊に分かれて反撃し、死闘の末・・・

ラキが、覚醒者のプリシラが以前クレイモアだったという事実を知った頃、ピエタの町の広場では、クレイモアの４人、クレア、ヘレン、デネヴ、ミリアが、銀眼の獅子王・リガルドと死闘を繰り広げていた。リガルドの狙いが隊長のミリアだと気付いたヘレンら３人は、必死で反撃する。しかし、リガルドのスピードが余りにも速いため、ダメージすら与えることが出来ない。

クレアが銀眼の獅子王・リガルドの右腕を叩き斬ることが出来た原因は、そのスピード能力の上昇にあった。雪煙が晴れる中、クレアが脚だけを覚醒させていると知ったリガルドは、思わぬ変身振りに舌を巻く。だが、クレアは、覚醒した脚のスピードをコントロール出来なかったため、リガルドにかわされることが多くなった。さらに猛スピードで周囲に激突し、クレアの体力は次第に落ち始めた。

リガルドの死を知ったクレイモアたちはミリアのいる避難所で歓声をあげた。全身で喜びを表すヘレン、安堵するデネヴ。だが、その直後、クレイモアたちは、覚醒が止まらないクレアの身体を見て、思わず息を飲んだ。このままでは覚醒者になってしまうと悟ったクレアは、ヘレンに首をはねて欲しいと求める。その間にも、クレアの身体は、徐々に巨大化していった。

溶岩が流れる火口原でのクレアとプリシラの決戦は、クレアの攻撃から始まった。意識だけが昔の状態に戻り、クレアを妖魔と勘違いして反撃するプリシラ。一方、イースレイは余裕の表情で戦況を見つめ、ミリア、ヘレン、デネヴの３人も別の場所からクレアを応援する。

ラキが心配そうに見守る中、火口原で始まったクレアとプリシラの決戦は山場を迎えた。クレアは両腕から次々と生える剣でプリシラに高速剣の猛攻を加える。これに対し、衝撃波でクレアにダメージを与えるプリシラ。ミリアたちは、自分たちの力ではどうしようもないと悟り戦況を見守るばかりだった。