■線画レイヤーを作る■
チャンネルを使ってます。
RGBモードにして線の修正・サイズ・構図等の調整をし、
［選択範囲＞すべてを選択］し、新規チャンネルに貼り付け。
新規レイヤーに［選択範囲＞選択範囲の読み込み］で
このチャンネルを反転状態で読み込み、黒で塗りつぶし。
背景の画像はクリアしておく。

■パーツレイヤーを作る■
背景レイヤーと線画レイヤーの間にパーツごとのレイヤーを鉛筆ツールなどで作る。