見た目は子どもだが、その正体は日本警察の救世主とも言われた高校生探偵・工藤新一。とある薬を飲まされ小学生の体になってしまったため、現在は江戸川コナンと名乗っている――。

ＴＶアニメやコミックで大人気の「名探偵コナン」の、劇場シリーズ第12弾となる本作。
しかし、今回はさすがのコナンにとっても一筋縄ではいかない難しいヤマとなる。なぜなら、事件は天才コナンが苦手とする音楽に絡んでいるからだ！　そう、天才と呼ばれる彼にも弱点があったのだ。日ごろの自信に満ちあふれた態度からは想像もつかないが、なんとコナンは超・音痴だったのだ。そんな彼が今回挑むことになったのが、音楽家連続殺人事件とコンサートホール爆破事件。名探偵はこの事件をどう解決するのか？

いつも以上にコナンの推理がモノを言う本作だが、今回のみどころはなんといっても音楽の美しさにつきる。『アメージング・グレイス』や『アヴェ・マリア』といった馴染みのある楽曲の美しい旋律や、ソプラノ歌手・秋庭怜子（桑島法子・声なのだが、歌の部分のみ実際のソプラノ歌手が歌っている）のうっとりするような歌声は、とてもアニメとは思えない質の高さに仕上がっており、サスペンスをより重厚な世界へと導いている。また、コンサートシーンではバイオリニストの手の動きや弓を引く動作、パイプオルガンを弾くオルガニストが鍵盤を弾く動きなどを丁寧かつ正確に再現。アニメ制作スタッフの高い技量と情熱がうかがえる。さらに、バイオリニストやマニアの間では羨望の的となっているストラディバリウスのバイオリンも登場。知っているようで知らなかった音楽に関する知識も増えること間違いなし！

また今作ではシリーズ初の試みとしてゲスト声優を起用。お馴染みのキャラクターに加え、坂下千里子と南海キャンディーズの山里亮太が脇役で出演しているので、彼らがどこに登場しているかにも気をつけていてほしい。4月18日に公開となる、シリーズ13作『名探偵コナン 漆黒の追跡者（チェイサー）』（こちらではDAIGOがゲスト声優として登場！！）の前に、ぜひとも本作でコナンの凄さと面白さをおさらいしておきたい！

今年の第32回日本アカデミー賞にて、優秀アニメーション作品を受賞した理由は、本作を観ればすぐに納得できるはず。コナンと一緒に事件解決に向けて、推理力を働かせてください！

元世界的ピアニストであり、現在はパイプオルガニストとして活躍する堂本一揮（田中信夫）が創設した堂本アカデミーで、アカデミー１期生でプロの音楽家として活躍する３名が死傷する爆破事件が起こった。バイオリニストで絶対音感の持ち主である河辺奏子だけが、かろうじて一命を取り留めた。しかし、近々彼女が出演するはずだった、堂本音楽ホールの完成記念公演の出演は不可能となり、代役として山根紫音が選ばれた。このニュース速報を見た犯人は不敵な笑みを浮かべながら、「河辺奏子……恨むのなら自分のその才能を……」「すべては静かなる夜のために」とつぶやいていた。

数日後、大財閥の令嬢である鈴木園子（松井菜桜子）のコネで、江戸川コナン（高山みなみ）や毛利蘭（山崎和佳奈）たちは堂本音楽ホールのこけら落としコンサートに招待され、さらにリハーサルも見学できることになった。しかし、そのリハーサルで出会った天才ソプラノ歌手・秋庭怜子（桑島法子）が何者かに命を狙われてしまう。愛用するお茶に喉に炎症を引き起こす薬物を混入されたり、道端でダンプカーに襲撃されたり、森林浴中にエアガンで狙撃されたりと、犯人は容赦ない攻撃で彼女を追い詰めていく。

犯人の目的は何か？　なぜ彼女が狙われるのか？　コナンの頭はフル回転する。

そんなコナンにも知らないことがあった。なんと、またしても堂本一揮の門下生である二人の音楽家が何者かによって殺害されていたのだ。そして、二人の殺害現場にはフルートのパーツが残されていた。このフルートに隠されたメッセージとは一体何なのか？

そんな状況のなか、ついに堂本音楽ホールの完成記念公演当日がやってきた。間もなく出番というときに、秋葉怜子とコナンまでもが何者かによって襲撃され、意識を失ってしまう。二人が意識を失っているあいだ、堂本音楽ホールでは大爆発が起きていた。会場のなかにいる観客、そして蘭の命はどうなる？

はたしてコナンは、事件の鍵を紐解き、犯人を暴くことができるのか？
絶対音感はどう事件に関係しているのか？