HDDのディスククリーンアップを、実施し、一時ファイルの使用容量を
確認の上、削除されたらいかがですか。
C:ドライブ＞右クリック＞プロパティ＞ディスククリーンアップ＞
このコンピュターの全ユーザーファイル＞以下続行＞ディスククリーンアップ実行
＞一時ファイルのチェック＞OK

ありがとうございます。その方法でトライしてみました。結果、3.5Gの削除になりました。しかし、いぜん90Gぐらいの占有領域がわかりません。

一時ファイルが隠れファイルの可能性がありますから、
つぎの操作で本当に一時ファイルが、削除されているか確認されては・・・

C:ドライブ（以下クリック）＞ユーザー＞ユーザー名（以下隠れファイル解除）
＞AppData（以下隠れファイル解除）＞Local>Tempのプロパティで、
何GBあるか確認してください。

どのファイル、フォルダが、どのくらいの占有サイズかの確認は、下記参照。
DriveAnalyzer　というフリーソフトです。
http:/www.rexter.jp/freeware/da.html
どれが削除可能かは、本人の自己責任でお願いいたします。

クリーンアップをするとともに最新の復元ポイント以外のものを
削除されてはいかがでしょう。
Ｖｉｓｔａですと思った以上に復元ポイントを使用していると思われます。

>確認方法

ディスク内のファイル/フォルダの使用領域をはかるツールを使用します。
窓の杜 - DiskInfo
http://www.forest.impress.co.jp/lib/sys/file/fileuty/diskinfo.html
TreeSize Free - ｋ本的に無料ソフト・フリーソフト
http://www.gigafree.net/system/systeminfo/treesizefree.html
などが視覚的にわかりやすいかと思われます。

占有しているファイルやフォルダを特定すれば、削除法も導き出されるでしょう。
対象もわからないのに、ディスククリーンアップや復元ポイントの削除をなさる場合、事象は解消できても疑問は解消されないでしょうね。

事象が解消できれば、まさに原因が特定できるのだから、疑問も解消される。

>まさに原因が特定できるのだから
いいえ。できません。

出来るね。
ディスククリーンアップとシステムの復元ポイントの削除で、
空き領域が増えればその操作によって増えたことは明らか。
これらの操作で他のどこの使用領域が消えるんだ？
でたらめいうんじゃねえ。

おや？おわかりにならない？

それでは、質問文の
>Cの空き領域が最初は200Gぐらいあったのに今は、110Gぐらいしありません。
に対する理由や
/6
>しかし、いぜん90Gぐらいの占有領域がわかりません。
に対する回答ができるのですね。

ではしてください。できるものなら。
できましたら、具体的に
「○○用のファイルで○GB、XX用の領域にXGBが使われていたためです」
という風にお答えすると質問者さんのみならず、全世界の閲覧者にも有益かと存じますが、今になって、「ディスクのクリーンアップマネージャで○○のチェックを外した状態でディスクのクリーンアップを行って、事後に差異を比較して…」などといった後付けの補足はしない方が女々しさも伝わりづらいかと思われます。